help/html/colourSchemes/pid.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Percentage Identity Colour Scheme</title>
  24 <style type="text/css">
  25 <!--
  26 td {
  27         text-align: center;
  28 }
  29 -->
  30 </style>
  31 </head>
  32
  33 <body>
  34   <p>
  35     <strong>PID Colours</strong><br> <br> The PID option
  36     colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage
  37     of the residues in each column that agree with the consensus
  38     sequence. Only the residues that agree with the consensus residue
  39     for each column are coloured.
  40   </p>
  41   <div align="center">
  42     <table width="200" border="1">
  43       <tr>
  44         <td bgcolor="#6464FF">&gt; 80 %</td>
  45       </tr>
  46       <tr>
  47         <td bgcolor="#9999FF">&gt; 60 %</td>
  48       </tr>
  49       <tr>
  50         <td bgcolor="#CCCCFF">&gt; 40%</td>
  51       </tr>
  52       <tr>
  53         <td>&lt; 40%</td>
  54       </tr>
  55     </table>
  56   </div>
  57 </body>
  58 </html>