help/html/colourSchemes/pid.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  23  * This file is part of Jalview.
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  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Percentage Identity Colour Scheme</title>
  37 <style type="text/css">
  38 <!--
  39 td {
  40         text-align: center;
  41 }
  42 -->
  43 </style>
  44 </head>
  45
  46 <body>
  47 <p><em>PID Colours</em><br>
  48   <br>
  49   The PID option colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage
  50   of the residues in each column that agree with the consensus sequence. Only
  51   the residues that agree with the consensus residue for each column are coloured.</p>
  52 <table width="200" border="1">
  53   <tr>
  54     <td bgcolor="#6464FF">&gt; 80 %</td>
  55   </tr>
  56   <tr>
  57     <td bgcolor="#9999FF">&gt; 60 %</td>
  58   </tr>
  59   <tr>
  60     <td bgcolor="#CCCCFF">&gt; 40%</td>
  61   </tr>
  62   <tr>
  63     <td>&lt; 40%</td>
  64   </tr>
  65 </table>
  66 </body>
  67 </html>