help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>RNA Helices Colouring</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong> RNA Helices Colouring </strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     An RNA alignment loaded from a Stockholm file can be coloured based
  32     on its helices. The helices are determined from the secondary
  33     structure line in the Stockholm file (#GC SS_cons) written in WUSS
  34     notation that specifies base pairing. See <a
  35       href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stockholm_format"
  36     > Wikipedia</a> or <a
  37       href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/2010/06/parsing-wuss-notation-of-rna-secondary.html"
  38     > Jalview RNA Support Blog</a> for more information about Stockholm
  39     files and WUSS notation.
  40   </p>
  41   Select &quot;Colour&quot;
  42   <strong>&#8594;</strong> &quot; By RNA Helices&quot; to colour the
  43   alignment by RNA helices.
  44   <br>
  45   <br>
  46   <p>
  47     <em>Features</em>
  48   </p>
  49   <ul>
  50     <li>Colours are generated randomly for the number of helices
  51       present. Reselect the "By RNA Helices" option to generate another
  52       set of random colors.</li>
  53     <li>Sequence logo is in <a href="purinepyrimidine.html">
  54         Purine/Pyrimidine colour scheme</a>.
  55     </li>
  56     <li>Line above the "Secondary Structure" line in annotation
  57       panel is WUSS notation present in the input file.</li>
  58   </ul>
  59
  60
  61
  62   <div align="center">
  63     <img src="rnahelicescoloring.png" width="600" height="140">
  64   </div>
  65
  66
  67 </body>
  68 </html>