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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
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20 <head><title>RNA Helices Colouring</title></head>
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22 <body>
23 <p><strong> RNA Helices Colouring </strong></p>
24 <p>An RNA alignment loaded from a Stockholm file can be coloured 
25    based on its helices.  The helices are determined from the 
26    secondary structure line in the Stockholm file (#GC SS_cons) 
27    written in WUSS notation
28    that specifies base pairing. See <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stockholm_format">
29    Wikipedia</a> or <a href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/2010/06/parsing-wuss-notation-of-rna-secondary.html">
30    Jalview RNA Support Blog</a> for more information about Stockholm files and WUSS notation.</p>
31 Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot; 
32   By RNA Helices&quot; to colour the alignment by RNA helices. <br>
33   <br>
34 <p><em>Features</em></p>
35 <ul>
36 <li>Colours are generated randomly for the number of helices present.  
37 Reselect the "By RNA Helices" option to generate another set of random colors. </li>
38 <li>Sequence logo is in <a href="purinepyrimidine.html">
39 Purine/Pyrimidine colour scheme</a>. </li>
40 <li>Line above the "Secondary Structure" line in annotation panel is WUSS notation present
41 in the input file.</li>
42 </ul>
43   
44   
45   
46   <div align="center">
47   <img src="rnahelicescoloring.png" width="600" height="140"> </div> 
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50 </body>
51 </html>