help/html/colourSchemes/user.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>User Defined Colours</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>User Defined Colours</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     <img src="userDefined_java6.gif" width="815" height="402">
  31   </p>
  32   <p>
  33     You may define any number of new colour schemes, each with a unique
  34     name. <br> <br> Each of the residues in a colour scheme
  35     may be assigned any chosen colour. <br> Select one or more
  36     residues, then select the desired colour.<br /> Use Ctrl-click to
  37     select multiple residues, or click then Shift-click to select a
  38     block.<br /> Note that the currently selected buttons are
  39     highlighted by a lighter text colour.
  40   <p>
  41     The <strong>Case Sensitive</strong> option allows you to choose
  42     distinct colours for upper and lower case residue codes.
  43   <p>
  44     Click <strong>Apply</strong> or <strong>OK</strong> to set your new
  45     colours on the active alignment window.<br /> Click <strong>Cancel</strong>
  46     to undo your changes if you pressed the <strong>Apply</strong>
  47     button.
  48   </p>
  49   If you save your colour scheme with a unique name, the colour scheme
  50   name will be added to the
  51   <strong>Colour</strong> menu on each new alignment window.
  52   <br>
  53   <br> Any saved colour schemes will be automatically loaded the
  54   next time you use Jalview.
  55   <br>
  56   <br>
  57   <em>Note: the screenshot shows the appearance when running Java
  58     version 6. For Java 7 (from Jalview 2.8.2) only the Swatches colour
  59     chooser is currently supported (for reasons of available screen
  60     space).</em>
  61   <p />
  62 </body>
  63 </html>