help/html/colourSchemes/user.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><title>User Defined Colours</title></head>
  23 <body>
  24 <p><strong>User Defined Colours</strong></p>
  25 <p><img src="userDefined_java6.gif" width="815" height="402"> </p>
  26 <p>You may define any number of new colour schemes, each with a unique name. <br>
  27   <br>
  28   Each of the residues in a colour scheme may be assigned any chosen colour. <br>
  29   Select one or more residues, then select the desired colour.<br/>
  30   Use Ctrl-click to select multiple residues, or click then Shift-click to select a block.<br/>
  31   Note that the currently selected buttons are highlighted by a lighter text colour.
  32   <p>
  33   The <strong>Case Sensitive</strong> option allows you to choose distinct colours for upper and
  34   lower case residue codes.
  35   <p>
  36   Click <strong>Apply</strong> or <strong>OK</strong> to set your new colours on the active
  37   alignment window.<br/>
  38    Click <strong>Cancel</strong> to undo your changes if you pressed the <strong>Apply</strong>
  39   button.
  40   </p>
  41   If you save your colour scheme with a unique name, the colour scheme name will
  42   be added to the <strong>Colour</strong> menu on each new alignment window.<br>
  43   <br>
  44   Any saved colour schemes will be automatically loaded the next time you use
  45   Jalview.
  46   <br><br>
  47   <em>Note: the screenshot shows the appearance when running Java version 6. For Java 7 (from Jalview 2.8.2) only the Swatches colour chooser is
  48   currently supported (for reasons of available screen space).</em>
  49   <p/>
  50 </body>
  51 </html>