help/html/colourSchemes/user.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  18 <html>
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  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  23  * This file is part of Jalview.
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  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  36 <head><title>User Defined Colours</title></head>
  37 <body>
  38 <p><em>User Defined Colours</em></p>
  39 <p><img src="userDefined.gif" width="719" height="368"> </p>
  40 <p>You may define any number of new colour schemes, each with a unique name. <br>
  41   <br>
  42   Each of the residues in a new colour scheme may be assigned a new user defined
  43   colour. <br>
  44   <br>
  45   Click &quot;Apply&quot; or &quot;OK&quot; to set your new colours on the active
  46   alignment window. </p>
  47 <p>Click &quot;Cancel&quot; to undo your changes if you pressed the &quot;Apply&quot;
  48   button. <br>
  49   <br>
  50   If you save your colour scheme with a unique name the colour scheme name will
  51   be added to the &quot;Colour&quot; menu on each new alignment window.<br>
  52   <br>
  53   Any saved colour schemes will be automatically loaded the next time you use
  54   Jalview.</p>
  55 </body>
  56 </html>