help/html/editing/index.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Editing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Editing</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     There are two major ways to edit alignments - in 'Normal mode', gaps
  31     are inserted and deleted at the mouse pointer in various ways by
  32     clicking the left mouse button and pressing a combination of either
  33     shift and control (or the alt, option or apple key on Macs) and
  34     dragging the mouse. Pressing <em>F2</em> toggles the alternative <a
  35       href="../features/cursorMode.html">'Cursor mode'</a> keyboard
  36     editing facility, where the space bar and delete keys add and remove
  37     gaps at the current editing position. The key strokes for both these
  38     modes are summarised in the <a href="../keys.html">keystrokes
  39       table</a>.
  40   </p>
  41   <p>
  42     <strong>Tip:</strong> For large alignments, deselect &quot;Calculate
  43     -&gt; Autocalculate Consensus&quot; to prevent the alignment
  44     performing lengthy calculations after every edit.
  45   </p>
  46   <p>
  47     <em>Inserting / removing gaps</em> - hold down the &quot;Shift&quot;
  48     key. Click on a residue with the mouse and drag it to the left or
  49     right to insert gaps and remove gaps.<br> If the current
  50     selection is a group over all sequences in the alignment, or a group
  51     over some sequences or all columns in the alignment, then hold down
  52     &quot;Control&quot; key (&quot;Cmd&quot; key on OSX) and drag the residue
  53     left or right to edit all sequences in the defined group at once.
  54   </p>
  55   <p>
  56     <em>Copy/paste/cut/delete</em> - any sequences which are in the
  57     current selection box (indicated in red) may be cut and / or copied
  58     to a new alignment or deleted.
  59   </p>
  60   <p>
  61     <em>Undo / redo</em> - editing of sequences (insertion/removal of
  62     gaps, removal of sequences, trimming sequences etc) may be undone or
  63     redone at any time using the appropriate menu items from the edit
  64     menu.
  65   <p>
  66     <em>Trimming alignment</em> - First select a column by clicking the
  67     scale indicator (above the sequences) The alignment may then be
  68     trimmed to the left or right of this column. If multiple columns are
  69     selected, the alignment is trimmed to the right of the rightmost
  70     selected column (or to the left of the leftmost selected column)
  71   </p>
  72   <p>
  73     <em>Remove gapped columns</em> - Removes columns within the
  74     alignment which contain only space characters (&quot;-&quot; or
  75     &quot;.&quot; or &quot; &quot;)
  76   </p>
  77   <p>
  78     <em>Removing gaps</em> - Removes all gaps from the alignment. Gaps
  79     are &quot;-&quot; or &quot;.&quot; or &quot; &quot;.
  80   </p>
  81   <p>
  82     <em>Set gap character</em> - Switches the gap character between
  83     &quot;.&quot; and &quot;-&quot;. If the &quot;Render Gaps&quot;
  84     option from the &quot;View&quot; menu is unticked all gaps will
  85     appear as blank spaces.
  86   </p>
  87   <p>&nbsp;</p>
  88   <p>
  89     <strong>Editing In Selection Areas</strong>
  90   </p>
  91   Editing can be restricted to the current selection area. This allows
  92   the user to &quot;Lock&quot; the alignment either side of the
  93   selection area. Any gap insertions or deletions will only affect the
  94   current selection area.
  95   <p>
  96     <img src="editing.jpg" width="428" height="186" align="top">
  97   </p>
  98   <p>In this example, if Sequence IL2RA_MACMU has gaps removed from
  99     position 98-104, the same number of gaps will be inserted at
 100     position 116, (between M and L).</p>
 101   <p>
 102     <em>Locked selection area based editing was introduced in
 103       Jalview 2.08</em>
 104   </p>
 105   <p>&nbsp;</p>
 106 </body>
 107 </html>