help/html/features/bioJsonFormat.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>BioJson-1.0 A JSON File Format</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26         <h1>BioJson (version-1.0)</h1>
  27         BioJson is a standardise JavaScript Object Notation (JSON) format for exchange of Bio-informatics Sequence Alignment data.
  28         BioJSon-1.0 schema/documentation is available <a href="http://www.jalview.org/builds/develop/examples/biojson-doc/">here</a>.
  29         You can keep up to date with BioJson development and latest news <a href="https://github.com/jalview/biojson/wiki">here</a>.
  30
  31         <h2>Features supported</h2>
  32         Export/Import of the following alignment elements are supported in BioJson-1.0:
  33         <ul>
  34                 <li>Alignment Sequences</li>
  35                 <li>Alignment Features</li>
  36                 <li>Alignment Annotations</li>
  37                 <li>Sequence Groups</li>
  38                 <li>Color Scheme</li>
  39                 <li>Hidden Sequences</li>
  40                 <li>Hidden Columns</li>
  41         </ul>
  42
  43         <h2>Features not yet supported</h2>
  44         Export/Import of the following alignment elements are not supported in BioJson-1.0:
  45         <ul>
  46                 <li>Reference sequence</li>
  47                 <li>Representative sequence</li>
  48                 <li>Trees</li>
  49                 <li>3D Structures</li>
  50         </ul>
  51 </body>
  52 </html>