help/html/features/biojsmsa.html

   1 <html>
   2 <title>BioJS MSA Viewer Export</title>
   3 <body>
   4   <p>
   5     <strong>Exporting Alignments for viewing with the BioJS MSA
   6       Viewer</strong>
   7   </p>
   8   <p>Since Jalview 2.9, HTML files can be generated from an
   9     alignment within the Jalview desktop application that show the
  10     alignment in an interactive viewer called 'BioJS-MSA'. The BioJS MSA
  11     Viewer is a full-featured JavaScript based multiple sequence
  12     alignment visualisation system created by a community of biological
  13     data visualisation developers, and is developed independently of
  14     Jalview.</p>
  15   <p>
  16     To find out more about the BioJS MSA Viewer, please go to <a
  17       href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>.
  18   <p>
  19     <strong>Making sure your BioJS MSA exports uses the latest
  20       BioJS MSA Viewer</strong>
  21   </p>
  22   <p>In order to allow Jalview to export data with the latest
  23     version of the MSA viewer, the Jalview Desktop will download
  24     templates for HTML export from our public GitHub Repository.
  25     Normally, this should happen without you needing to do anything, but
  26     if you do encounter problems, then please get in contact via the
  27     jalview-discuss mailing list, or file a bug report.</p>
  28   <p>Templates are downloaded to a directory called
  29     '.biojs_templates' in your user's home storage space (e.g.
  30     ~/.biojs_templates).</p>
  31 </body>
  32 </html>