help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <title>Jalview Command Line Arguments
   3 </title>
   4 <body>
   5  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
   6  Arguments</strong></p>
   7  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
   8  line</a> for more information.<br>
   9  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  10  <tr >
  11  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  12  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  13  </tr>
  14
  15  <tr>
  16  <td><div align="center">-props FILE</div></td>
  17  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  18  of users default.</div></td>
  19  </tr>
  20  <tr>
  21  <td><div align="center">-features FILE</div></td>
  22  <td><div align="left">
  23  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  24  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  25  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  26
  27  </div></td>
  28  </tr>
  29         <tr>
  30                 <td>
  31                 <div align="center">-annotations FILE</div>
  32                 </td>
  33                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  34                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  35                 description.</td>
  36         </tr>
  37         <tr>
  38                 <td>
  39                 <div align="center">-tree FILE</div>
  40                 <td>
  41                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  42                 the alignment</div>
  43                 </td>
  44         </tr>
  45         <tr>
  46                 <td>
  47                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  48                 <td>
  49                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  50                 any Jalview user questionnaires</div>
  51                 </td>
  52         </tr>
  53         <tr>
  54                 <td>
  55                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  56                 <td>
  57                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  58                 </td>
  59         </tr>
  60         <tr><td>
  61                 <div align="center">-nousagestats</div>
  62                 <td>
  63                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  64                 </td>
  65         </tr>
  66         <tr>
  67                 <td>
  68                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
  69                 <td>
  70                 <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
  71                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
  72                 for all alignments<br>
  73                 Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
  74                 <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
  75                 </td>
  76         </tr>
  77         <tr>
  78                 <td>
  79                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
  80                 <td>
  81                 <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
  82                 and display them</div>
  83                 </td>
  84         </tr>
  85         <tr>
  86                 <td>
  87                 <div align="center">-groovy FILE</div>
  88                 <td>
  89                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
  90                 arguments have been processed</div>
  91                 </td>
  92         </tr>
  93         <tr>
  94                 <td>
  95                 <div align="center">-fasta FILE</div>
  96                 </td>
  97
  98                 <td>
  99                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 100                 </td>
 101         </tr>
 102         <tr>
 103  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 104  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 105  </tr>
 106  <tr>
 107  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 108
 109  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 110  </tr>
 111  <tr>
 112  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 113  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 114  </tr>
 115  <tr>
 116  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 117
 118  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 119  </tr>
 120  <tr>
 121  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 122  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 123  </tr>
 124  <tr>
 125  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 126  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 127  </tr>
 128  <tr>
 129  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 130
 131  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 132  </tr>
 133  <tr>
 134  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 135  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 136  </tr>
 137  <tr>
 138  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 139
 140  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 141  image.</div></td>
 142  </tr>
 143  <tr>
 144  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 145  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 146  </tr>
 147  </table>
 148 </body>
 149 </html>