help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <title>Jalview Command Line Arguments
  23 </title>
  24 <body>
  25  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
  26  Arguments</strong></p>
  27  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
  28  line</a> for more information.<br>
  29  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  30  <tr >
  31  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  32  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  33  </tr>
  34
  35  <tr>
  36  <td><div align="center">-props FILE/URL</div></td>
  37  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  38  of users default.</div></td>
  39  </tr>
  40  <tr>
  41  <td><div align="center">-features FILE/URL</div></td>
  42  <td><div align="left">
  43  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  44  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  45  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  46
  47                 </div>
  48                 </td>
  49         </tr>
  50         <tr>
  51                 <td>
  52                 <div align="center">-colour COLOURSCHEME</div>
  53                 </td>
  54                 <td>Set the colourscheme for the alignment. This can be any of
  55                 the built-in colourschemes, a name of a predefined colourscheme
  56                 (defined in the jalview properties file), or an 'inline' colourscheme
  57                 (see the applet's colour parameter for more information).</td>
  58  </tr>
  59         <tr>
  60                 <td>
  61                 <div align="center">-annotations FILE/URL</div>
  62                 </td>
  63                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  64                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  65                 description.</td>
  66         </tr>
  67         <tr>
  68                 <td>
  69                 <div align="center">-tree FILE/URL</div>
  70                 <td>
  71                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  72                 the alignment</div>
  73                 </td>
  74         </tr>
  75         <tr>
  76                 <td>
  77                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  78                 <td>
  79                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  80                 any Jalview user questionnaires</div>
  81                 </td>
  82         </tr>
  83         <tr>
  84                 <td>
  85                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  86                 <td>
  87                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  88                 </td>
  89         </tr>
  90         <tr><td>
  91                 <div align="center">-nousagestats</div>
  92                 <td>
  93                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  94                 </td>
  95         </tr>
  96         <tr><td>
  97         <div align="center">-[no]sortbytree</div>
  98                 <td>
  99                 <div align="left">Enable or disable automatic sorting of associated view when a new tree is displayed</div>
 100                 </td>
 101         </tr>
 102         <tr>
 103                 <td>
 104                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
 105                 <td>
 106                 <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
 107                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
 108                 for all alignments<br>
 109                 Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
 110                 <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
 111                 </td>
 112         </tr>
 113         <tr>
 114                 <td>
 115                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
 116                 <td>
 117                 <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
 118                 and display them</div>
 119                 </td>
 120         </tr>
 121         <tr>
 122                 <td>
 123                 <div align="center">-groovy FILE/URL</div>
 124                 <td>
 125                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
 126                 arguments have been processed</div>
 127                 </td>
 128         </tr>
 129         <tr>
 130         <td>
 131                 <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE/URL</div>
 132                 <td>
 133                 <div align="left">Import the given vamsas document into a new session.<br><em>New in 2.5</em></div>
 134                 </td>
 135         </tr>
 136         <tr>
 137                 <td>
 138                 <div align="center">-vsess VAMSAS SESSION URL</div>
 139                 <td>
 140                 <div align="left">Join the given vamsas session<br>If a document was also specified, this will be imported first and then committed as new data from Jalview to the specified session (Experimental - not yet enabled!).<em>New in 2.5</em></div></div>
 141                 </td>
 142         </tr>
 143         <tr>
 144                 <td>
 145                 <div align="center">-fasta FILE</div>
 146                 </td>
 147
 148                 <td>
 149                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 150                 </td>
 151         </tr>
 152         <tr>
 153  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 154  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 155  </tr>
 156  <tr>
 157  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 158
 159  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 160  </tr>
 161  <tr>
 162  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 163  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 164  </tr>
 165  <tr>
 166  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 167
 168  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 169  </tr>
 170  <tr>
 171  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 172  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 173  </tr>
 174  <tr>
 175  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 176  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 177  </tr>
 178  <tr>
 179  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 180
 181  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 182  </tr>
 183  <tr>
 184  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 185  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 186  </tr>
 187  <tr>
 188  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 189
 190  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 191  image.</div></td>
 192  </tr>
 193  <tr>
 194  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 195  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 196  </tr>
 197  </table>
 198 </body>
 199 </html>