help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <title>Jalview Command Line Arguments
  20 </title>
  21 <body>
  22  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
  23  Arguments</strong></p>
  24  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
  25  line</a> for more information.<br>
  26  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  27  <tr >
  28  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  29  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  30  </tr>
  31
  32  <tr>
  33  <td><div align="center">-props FILE/URL</div></td>
  34  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  35  of users default.</div></td>
  36  </tr>
  37  <tr>
  38  <td><div align="center">-features FILE/URL</div></td>
  39  <td><div align="left">
  40  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  41  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  42  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  43
  44                 </div>
  45                 </td>
  46         </tr>
  47         <tr>
  48                 <td>
  49                 <div align="center">-colour COLOURSCHEME</div>
  50                 </td>
  51                 <td>Set the colourscheme for the alignment. This can be any of
  52                 the built-in colourschemes, a name of a predefined colourscheme
  53                 (defined in the jalview properties file), or an 'inline' colourscheme
  54                 (see the applet's colour parameter for more information).</td>
  55  </tr>
  56         <tr>
  57                 <td>
  58                 <div align="center">-annotations FILE/URL</div>
  59                 </td>
  60                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  61                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  62                 description.</td>
  63         </tr>
  64         <tr>
  65                 <td>
  66                 <div align="center">-tree FILE/URL</div>
  67                 <td>
  68                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  69                 the alignment</div>
  70                 </td>
  71         </tr>
  72         <tr>
  73                 <td>
  74                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  75                 <td>
  76                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  77                 any Jalview user questionnaires</div>
  78                 </td>
  79         </tr>
  80         <tr>
  81                 <td>
  82                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  83                 <td>
  84                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  85                 </td>
  86         </tr>
  87         <tr><td>
  88                 <div align="center">-nousagestats</div>
  89                 <td>
  90                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  91                 </td>
  92         </tr>
  93         <tr><td>
  94         <div align="center">-[no]sortbytree</div>
  95                 <td>
  96                 <div align="left">Enable or disable automatic sorting of associated view when a new tree is displayed</div>
  97                 </td>
  98         </tr>
  99         <tr>
 100                 <td>
 101                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
 102                 <td>
 103                 <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
 104                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
 105                 for all alignments<br>
 106                 Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
 107                 <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
 108                 </td>
 109         </tr>
 110         <tr>
 111                 <td>
 112                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
 113                 <td>
 114                 <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
 115                 and display them</div>
 116                 </td>
 117         </tr>
 118         <tr>
 119                 <td>
 120                 <div align="center">-groovy FILE/URL</div>
 121                 <td>
 122                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
 123                 arguments have been processed</div>
 124                 </td>
 125         </tr>
 126         <tr>
 127         <td>
 128                 <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE/URL</div>
 129                 <td>
 130                 <div align="left">Import the given vamsas document into a new session.<br><em>New in 2.5</em></div>
 131                 </td>
 132         </tr>
 133         <tr>
 134                 <td>
 135                 <div align="center">-vsess VAMSAS SESSION URL</div>
 136                 <td>
 137                 <div align="left">Join the given vamsas session<br>If a document was also specified, this will be imported first and then committed as new data from Jalview to the specified session (Experimental - not yet enabled!).<em>New in 2.5</em></div></div>
 138                 </td>
 139         </tr>
 140         <tr>
 141                 <td>
 142                 <div align="center">-fasta FILE</div>
 143                 </td>
 144
 145                 <td>
 146                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 147                 </td>
 148         </tr>
 149         <tr>
 150  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 151  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 152  </tr>
 153  <tr>
 154  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 155
 156  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 157  </tr>
 158  <tr>
 159  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 160  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 161  </tr>
 162  <tr>
 163  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 164
 165  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 166  </tr>
 167  <tr>
 168  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 169  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 170  </tr>
 171  <tr>
 172  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 173  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 174  </tr>
 175  <tr>
 176  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 177
 178  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 179  </tr>
 180  <tr>
 181  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 182  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 183  </tr>
 184  <tr>
 185  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 186
 187  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 188  image.</div></td>
 189  </tr>
 190  <tr>
 191  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 192  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 193  </tr>
 194  </table>
 195 </body>
 196 </html>