help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <title>Jalview Command Line Arguments
  21 </title>
  22 <body>
  23  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
  24  Arguments</strong></p>
  25  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
  26  line</a> for more information.<br>
  27  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  28  <tr >
  29  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  30  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  31  </tr>
  32
  33  <tr>
  34  <td><div align="center">-props FILE/URL</div></td>
  35  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  36  of users default.</div></td>
  37  </tr>
  38  <tr>
  39  <td><div align="center">-features FILE/URL</div></td>
  40  <td><div align="left">
  41  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  42  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  43  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  44
  45                 </div>
  46                 </td>
  47         </tr>
  48         <tr>
  49                 <td>
  50                 <div align="center">-colour COLOURSCHEME</div>
  51                 </td>
  52                 <td>Set the colourscheme for the alignment. This can be any of
  53                 the built-in colourschemes, a name of a predefined colourscheme
  54                 (defined in the jalview properties file), or an 'inline' colourscheme
  55                 (see the applet's colour parameter for more information).</td>
  56  </tr>
  57         <tr>
  58                 <td>
  59                 <div align="center">-annotations FILE/URL</div>
  60                 </td>
  61                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  62                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  63                 description.</td>
  64         </tr>
  65         <tr>
  66                 <td>
  67                 <div align="center">-tree FILE/URL</div>
  68                 <td>
  69                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  70                 the alignment</div>
  71                 </td>
  72         </tr>
  73         <tr>
  74                 <td>
  75                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  76                 <td>
  77                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  78                 any Jalview user questionnaires</div>
  79                 </td>
  80         </tr>
  81         <tr>
  82                 <td>
  83                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  84                 <td>
  85                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  86                 </td>
  87         </tr>
  88         <tr><td>
  89                 <div align="center">-nousagestats</div>
  90                 <td>
  91                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  92                 </td>
  93         </tr>
  94         <tr><td>
  95         <div align="center">-[no]sortbytree</div>
  96                 <td>
  97                 <div align="left">Enable or disable automatic sorting of associated view when a new tree is displayed</div>
  98                 </td>
  99         </tr>
 100         <tr>
 101                 <td>
 102                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
 103                 <td>
 104                 <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
 105                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
 106                 for all alignments<br>
 107                 Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
 108                 <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
 109                 </td>
 110         </tr>
 111         <tr>
 112                 <td>
 113                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
 114                 <td>
 115                 <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
 116                 and display them</div>
 117                 </td>
 118         </tr>
 119         <tr>
 120                 <td>
 121                 <div align="center">-groovy FILE/URL</div>
 122                 <td>
 123                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
 124                 arguments have been processed</div>
 125                 </td>
 126         </tr>
 127         <tr>
 128         <td>
 129                 <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE/URL</div>
 130                 <td>
 131                 <div align="left">Import the given vamsas document into a new session.<br><em>New in 2.5</em></div>
 132                 </td>
 133         </tr>
 134         <tr>
 135                 <td>
 136                 <div align="center">-vsess VAMSAS SESSION URL</div>
 137                 <td>
 138                 <div align="left">Join the given vamsas session<br>If a document was also specified, this will be imported first and then committed as new data from Jalview to the specified session (Experimental - not yet enabled!).<em>New in 2.5</em></div></div>
 139                 </td>
 140         </tr>
 141         <tr>
 142                 <td>
 143                 <div align="center">-fasta FILE</div>
 144                 </td>
 145
 146                 <td>
 147                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
 148                 </td>
 149         </tr>
 150         <tr>
 151  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 152  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 153  </tr>
 154  <tr>
 155  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 156
 157  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 158  </tr>
 159  <tr>
 160  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 161  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 162  </tr>
 163  <tr>
 164  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 165
 166  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 167  </tr>
 168  <tr>
 169  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 170  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 171  </tr>
 172  <tr>
 173  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 174  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 175  </tr>
 176  <tr>
 177  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 178
 179  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 180  </tr>
 181  <tr>
 182  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 183  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 184  </tr>
 185  <tr>
 186  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 187
 188  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 189  image.</div></td>
 190  </tr>
 191  <tr>
 192  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 193  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 194  </tr>
 195  </table>
 196 </body>
 197 </html>