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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Select/Hide Columns by Annotation</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Select/Hide Columns by Annotation</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     The 'Select/Hide by Annotation' window allows columns to be selected
  32     or hidden according to annotation rows on the alignment. The dialog
  33     box is opened <em>via</em> &quot;<strong>Select&#8594;Select/Hide
  34       Columns by Annotation...</strong>&quot;, and different filters are
  35     presented dependent upon the data shown in the selected annotation
  36     row.
  37   </p>
  38   <table>
  39     <tr>
  40       <td><img src="annotationColumnSelectionWithSM.gif"></td>
  41       <td><img src="annotationColumnSelectionWithoutSM.gif"></td>
  42     </tr>
  43   </table>
  44
  45   <p>If an annotation with numeric values is selected, the threshold
  46     filter option is activated. For other types of annotation, use the
  47     text box and secondary structure check boxes (right). The radio
  48     buttons at the bottom of the dialog specify the action applied to
  49     columns matching the query.</p>
  50   <ul>
  51     <li><strong>Search Filter</strong>
  52       <ul>
  53         <li>Enter text or regular expressions in the text box to
  54           activate the 'Display Label' and 'Description' options.</li>
  55         <li>Selecting the description or label options will
  56           activate the filter, and any matching columns will be
  57           highlighted or hidden.</li>
  58       </ul>
  59     <li><strong>Structure Filter</strong>
  60       <ul>
  61         <li>Select the checkboxes to filter by secondary structure
  62           type.</li>
  63       </ul>
  64     <li><strong>Threshold Filter</strong>
  65       <ul>
  66         <li>This filter is only activated for annotation which
  67           contain numeric values</li>
  68         <li>Select whether to filter the alignment above or below
  69           the threshold.</li>
  70         <li>Change the threshold value with the slider, or enter it
  71           in the text box.</li>
  72       </ul>
  73     <li><strong>Actions</strong>
  74       <ul>
  75         <li>'Select' (the default), selects columns matching the
  76           query settings.</li>
  77         <li>'Hide' causes matching columns to be hidden.</li>
  78       </ul></li>
  79   </ul>
  80   <p>Hit 'Cancel' to restore the alignment view to its previous
  81     state before any filtering was applied.</p>
  82 </body>
  83 </html>