help/html/features/commandline.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Running Jalview from the command line</title></head>
  20 <body>
  21  <p><strong>Running Jalview from the command line</strong></p>
  22  <p>Jalview is most easily run from the command line if you have built
  23  it from source, or via the 'Jalview' executable created from the
  24  InstallAnywhere jalview installation. Both of these mechanisms allow
  25  true command line execution of jalview - allowing you to provide
  26  additional options.</p><p>
  27 The Java Webstart version of
  28  jalview can be executed from the command line using something like
  29  :
  30  <pre>javaws http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp -open
  31  <em>yourFileName</em></pre>
  32  But, this is not guaranteed to work on all versions of webstart on all
  33  operating systems, and doesn't let you execute Jalview with any
  34  additional parameters.
  35  <p><strong>Running jalview from the InstallAnywhere
  36  installation</strong></p>
  37  <p>If you install with InstallAnywhere you can use several more commands.
  38  However, if you call the application with the link provided by InstallAnywhere
  39  any output from the application will be sent to output.txt, not standard
  40  out.<br>
  41  The jalview application also requires a number of additional
  42  libraries on the class path. The command line below adds the Jalview
  43  installation's 'lib' directory to the list of directories that are
  44  searched for jars to be added to the classpath:</p>
  45 <pre>java -Djava.ext.dirs=$INSTALL_DIR$/lib -cp $INSTALL_DIR$/jalview.jar jalview.bin.Jalview -open [FILE] </pre>
  46  <p>Use '-help' to get more information on the <a
  47  href="clarguments.html">command line arguments</a> that Jalview
  48  accepts.</p>
  49  <p>&nbsp;</p>
  50  <p>&nbsp;</p>
  51  </body>
  52  </html>