help/html/features/dasfeatures.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>DAS Features</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong>
  29   </p>
  30   <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their
  31     features via the Distributed Annotation System.</p>
  32   <ol>
  33     <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View
  34       -&gt; Feature Settings...&quot;</li>
  35     <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS
  36         Settings</a>&quot; tabbed pane.
  37     </li>
  38     <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
  39       click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
  40       <ul>
  41         <li>Cancelling Feature Retrieval<br> Press the <strong>Cancel
  42             Fetch</strong> button to immediately stop feature retrieval. This
  43           will not remove any features already added to the alignment,
  44           but will halt any outstanding DAS requests.<em>The cancel
  45             fetch button is of particular use when one or more DAS
  46             annotation servers are not responding!</em>
  47       </ul>
  48     </li>
  49   </ol>
  50   <p>
  51     If your DAS source selection contains sources which use UniProt
  52     accession ids, you will be asked whether Jalview should find UniProt
  53     Accession ids for the given sequence names. It is important to
  54     realise that many DAS sources only use UniProt accession ids, rather
  55     than Swissprot/UniProt sequence names.<br> The <a
  56       href="../webServices/dbreffetcher.html">database
  57       reference fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers
  58     what database references are appropriate for the sequences in the
  59     alignment.
  60   <ul>
  61     <li><em>Note</em><br> Please remember to save your
  62       alignment if either the start/end numbering, or the sequence IDs
  63       were updated during the ID retrieval process.</li>
  64   </ul>
  65   <p>&nbsp;
  66   <p>
  67     <em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em>
  68   </p>
  69   <br />
  70   <p>
  71     <em>The DAS registry at http://www.dasregistry.org was
  72       decommissioned early in 2015. An unmaintained mirror is currently
  73       hosted at http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/.</em>
  74   </p>
  75   <p>&nbsp;
  76 </body>
  77 </html>