help/html/features/dasfeatures.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>DAS Features</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     Jalview includes a client for retrieving sequences and their
  32     features via the <a href="http://www.biodas.org">Distributed
  33       Annotation System</a>.
  34   </p>
  35   <ol>
  36     <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View
  37       -&gt; Feature Settings...&quot;</li>
  38     <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS
  39         Settings</a>&quot; tabbed pane.
  40     </li>
  41     <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
  42       click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
  43       <ul>
  44         <li>Cancelling Feature Retrieval<br> Press the <strong>Cancel
  45             Fetch</strong> button to immediately stop feature retrieval. This
  46           will not remove any features already added to the alignment,
  47           but will halt any outstanding DAS requests.<em>The cancel
  48             fetch button is of particular use when one or more DAS
  49             annotation servers are not responding!</em>
  50       </ul>
  51     </li>
  52   </ol>
  53   <p>
  54     If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
  55     accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
  56     Accession ids for the given sequence names. It is important to
  57     realise that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather
  58     than Swissprot/Uniprot sequence names.<br> The <a
  59       href="../webServices/dbreffetcher.html"
  60     >database reference fetcher</a> documentation describes how Jalview
  61     discovers what database references are appropriate for the sequences
  62     in the alignment.
  63   <ul>
  64     <li><em>Note</em><br> Please remember to save your
  65       alignment if either the start/end numbering, or the sequence IDs
  66       were updated during the ID retrieval process.</li>
  67   </ul>
  68   <p>&nbsp;
  69   <p>
  70     <em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em>
  71   </p>
  72   <p>&nbsp;
  73 </body>
  74 </html>