help/html/features/dasfeatures.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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   6  * This file is part of Jalview.
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  16  *
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>DAS Features</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong></p>
  25 <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their features via
  26 the <a href="http://www.biodas.org">Distributed Annotation System</a>.</p>
  27 <ol>
  28         <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View -&gt;
  29         Feature Settings...&quot;</li>
  30         <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS Settings</a>&quot;
  31         tabbed pane.</li>
  32         <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
  33         click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
  34         <ul>
  35                 <li>Cancelling Feature Retrieval<br>
  36                 Press the <strong>Cancel Fetch</strong> button to immediately stop
  37                 feature retrieval. This will not remove any features already added to
  38                 the alignment, but will halt any outstanding DAS requests.<em>The
  39                 cancel fetch button is of particular use when one or more DAS
  40                 annotation servers are not responding!</em>
  41         </ul>
  42         </li>
  43 </ol>
  44 <p>If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
  45 accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
  46 Accession ids for the given sequence names. It is important to realise
  47 that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather than
  48 Swissprot/Uniprot sequence names.<br>
  49 The <a href="../webservices/dbreffetcher.html">database reference
  50 fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers what database
  51 references are appropriate for the sequences in the alignment.
  52 <ul>
  53         <li><em>Note</em><br>
  54         Please remember to save your alignment if either the start/end
  55         numbering, or the sequence IDs were updated during the ID
  56         retrieval process.</li>
  57 </ul>
  58 <p>&nbsp;
  59 <p><em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em></p>
  60 <p>&nbsp;
  61 </body>
  62 </html>