help/html/features/dasfeatures.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>DAS Features</title>
  22 </head>
  23
  24 <body>
  25 <p><strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong></p>
  26 <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their features via
  27 the <a href="http://www.biodas.org">Distributed Annotation System</a>.</p>
  28 <ol>
  29         <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View -&gt;
  30         Feature Settings...&quot;</li>
  31         <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS Settings</a>&quot;
  32         tabbed pane.</li>
  33         <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
  34         click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
  35         <ul>
  36                 <li>Cancelling Feature Retrieval<br>
  37                 Press the <strong>Cancel Fetch</strong> button to immediately stop
  38                 feature retrieval. This will not remove any features already added to
  39                 the alignment, but will halt any outstanding DAS requests.<em>The
  40                 cancel fetch button is of particular use when one or more DAS
  41                 annotation servers are not responding!</em>
  42         </ul>
  43         </li>
  44 </ol>
  45 <p>If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
  46 accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
  47 Accession ids for the given sequence names. It is important to realise
  48 that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather than
  49 Swissprot/Uniprot sequence names.<br>
  50 The <a href="../webServices/dbreffetcher.html">database reference
  51 fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers what database
  52 references are appropriate for the sequences in the alignment.
  53 <ul>
  54         <li><em>Note</em><br>
  55         Please remember to save your alignment if either the start/end
  56         numbering, or the sequence IDs were updated during the ID
  57         retrieval process.</li>
  58 </ul>
  59 <p>&nbsp;
  60 <p><em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em></p>
  61 <p>&nbsp;
  62 </body>
  63 </html>