help/html/features/dassettings.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>DAS Settings</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>DAS Settings</strong></p>
  25 <p>Jalview can retrieve sequences and features from many <a
  26         href="http://biodas.org/">DAS</a> sources. The DAS sources that
  27 it uses are discovered and selected <em>via</em> the DAS settings panel,
  28 opened either from the <a href="featuresettings.html">View&#8594;Feature
  29 Settings</a> dialog box from the alignment window's menu bar, or the <a
  30         href="featuresettings.html">Tools&#8594;Preferences</a> dialog box
  31 opened from the Desktop menu bar.</p>
  32 <p><img src="das.gif">
  33 <p>The available sources are listed in the table using each source's
  34 Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in the table
  35 reveals more information about that service in the panel to the right.
  36 Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot; column for a source to
  37 add it to the set Jalview queries for alignment and sequence features.</p>
  38 <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and
  39 &quot;label&quot;. You should read the DAS documentation to understand
  40 more about these values.
  41 <p><strong>Updating the list of sources</strong></p>
  42 <p>When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh
  43 source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources is retrieved from the
  44 DAS registry URL (set by default to the DAS registration server at
  45 http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/).</p>
  46 <p><strong>Adding your own DAS Sources</strong></p>
  47 <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the
  48 &quot;Add Local Source&quot; button. Enter the URL and nickname of your
  49 additional service. It should be noted that Jalview 2.1 will not query
  50 additional sources for more information, but this will be implemented in
  51 future editions.
  52 <p>&nbsp;
  53 </body>
  54 </html>