help/html/features/dassettings.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>DAS Settings</title>
  38 </head>
  39
  40 <body>
  41 <p><strong>DAS Settings</strong></p>
  42 <p>Jalview can retrieve sequences and features from many <a
  43         href="http://biodas.org/">DAS</a> sources. The DAS sources that
  44 it uses are discovered and selected <em>via</em> the DAS settings panel,
  45 opened either from the <a href="featuresettings.html">View&#8594;Feature
  46 Settings</a> dialog box from the alignment window's menu bar, or the <a
  47         href="featuresettings.html">Tools&#8594;Preferences</a> dialog box
  48 opened from the Desktop menu bar.</p>
  49 <p><img src="das.gif">
  50 <p>The available sources are listed in the table using each source's
  51 Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in the table
  52 reveals more information about that service in the panel to the right.
  53 Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot; column for a source to
  54 add it to the set Jalview queries for alignment and sequence features.</p>
  55 <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and
  56 &quot;label&quot;. You should read the DAS documentation to understand
  57 more about these values.
  58 <p><strong>Updating the list of sources</strong></p>
  59 <p>When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh
  60 source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources is retrieved from the
  61 DAS registry URL (set by default to the DAS registration server at
  62 http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/).</p>
  63 <p><strong>Adding your own DAS Sources</strong></p>
  64 <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the
  65 &quot;Add Local Source&quot; button. Enter the URL and nickname of your
  66 additional service. It should be noted that Jalview 2.1 will not query
  67 additional sources for more information, but this will be implemented in
  68 future editions.
  69 <p>&nbsp;
  70 </body>
  71 </html>