help/html/features/dassettings.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>DAS Settings</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>DAS Settings</strong></p>
  28 <p>Jalview can retrieve sequences and features from many <a
  29         href="http://biodas.org/">DAS</a> sources. The DAS sources that
  30 it uses are discovered and selected <em>via</em> the DAS settings panel,
  31 opened either from the <a href="featuresettings.html">View&#8594;Feature
  32 Settings</a> dialog box from the alignment window's menu bar, or the <a
  33         href="featuresettings.html">Tools&#8594;Preferences</a> dialog box
  34 opened from the Desktop menu bar.</p>
  35 <p><img src="das.gif">
  36 <p>The available sources are listed in the table using each source's
  37 Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in the table
  38 reveals more information about that service in the panel to the right.
  39 Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot; column for a source to
  40 add it to the set Jalview queries for alignment and sequence features.</p>
  41 <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and
  42 &quot;label&quot;. You should read the DAS documentation to understand
  43 more about these values.
  44 <p><strong>Updating the list of sources</strong></p>
  45 <p>When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh
  46 source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources is retrieved from the
  47 DAS registry URL (set by default to the DAS registration server at
  48 http://www.dasregistry.org/das/).</p>
  49 <p><strong>Adding your own DAS Sources</strong></p>
  50 <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the
  51 &quot;Add Local Source&quot; button. Enter the URL and nickname of your
  52 additional service. It should be noted that Jalview 2.1 will not query
  53 additional sources for more information, but this will be implemented in
  54 future editions.
  55 <p>&nbsp;
  56 </body>
  57 </html>