help/html/features/dassettings.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>DAS Settings</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>DAS Settings</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     Jalview can retrieve sequences and features from many <a
  32       href="http://biodas.org/"
  33     >DAS</a> sources. The DAS sources that it uses are discovered and
  34     selected <em>via</em> the DAS settings panel, opened either from the
  35     <a href="featuresettings.html">View&#8594;Feature Settings</a>
  36     dialog box from the alignment window's menu bar, or the <a
  37       href="featuresettings.html"
  38     >Tools&#8594;Preferences</a> dialog box opened from the Desktop menu
  39     bar.
  40   </p>
  41   <p>
  42     <img src="das.gif">
  43   <p>The available sources are listed in the table using each
  44     source's Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in
  45     the table reveals more information about that service in the panel
  46     to the right. Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot;
  47     column for a source to add it to the set Jalview queries for
  48     alignment and sequence features.</p>
  49   <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and
  50     &quot;label&quot;. You should read the DAS documentation to
  51     understand more about these values.
  52   <p>
  53     <strong>Updating the list of sources</strong>
  54   </p>
  55   <p>
  56     When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh
  57       source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources is retrieved from
  58     the DAS registry URL. Note that the registry hosted at
  59     http://www.dasregistry.org/das/ was retired at the start of 2015. An
  60     alternative service is currently hosted at
  61     http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/. To connect to this
  62     service, ensure your .jalview_properties file includes the following
  63     line:<br> <b>DAS_REGISTRY_URL=http\://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/</b>
  64   </p>
  65   <p>
  66     <strong>Adding your own DAS Sources</strong>
  67   </p>
  68   <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the
  69     &quot;Add Local Source&quot; button. Enter the URL and nickname of
  70     your additional service. It should be noted that Jalview 2.1 will
  71     not query additional sources for more information, but this will be
  72     implemented in future editions.
  73   <p>&nbsp;
  74 </body>
  75 </html>