help/html/features/ensemblsequencefetcher.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Fetching ENSEMBL Data in Jalview</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26
  27   <strong>Fetching ENSEMBL Data in Jalview</strong>
  28   <br /> Jalview Version 2.10 (September 2016) introduced support to
  29   retrieve annotated transcripts, peptides and genomic contigs from
  30   <a href="http://www.ensembl.org">ENSEMBL</a>.
  31   <br />
  32   <img src="selectfetchdb.gif" align="left" width="480" height="204"
  33     alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)">
  34
  35   <p>Two types of ENSEMBL source are provided. ENSEMBL queries the
  36     main ENSEMBL site, which only serves data for higher eukaryotes, and
  37     EnsemblGenomes, which provides access to Ensembl Pathogens, and
  38     other warehouses.</p>
  39     <p><strong>General Use</strong><br/> If you have a set of Ensembl
  40     peptide or transcript IDs, then you can retrieve them
  41     <em>via</em> the sequence fetcher dialog opened after selecting the
  42     most appropriate source (either 'ENSEMBL', or Ensembl Genomes).
  43     However, Jalview's Ensembl client has a couple of additional
  44     capabilities: </p><p><strong>Retrieving aligned transcripts for a genomic ID</strong>
  45   </p>
  46   <p>If a single genomic identifier is entered in the
  47     Ensembl fetcher, Jalview will return all transcripts and products
  48     for the locus, and display them in a split view - complete with
  49     sequence variant annotation.</p>
  50   <p><strong>Retrieving orthologs for a gene ID</strong></p>
  51   <p>If a gene ID is entered (e.g. fox1), Jalview will resolve
  52     Ensembl genomic identifiers for a predefined set of taxa (Mouse,
  53     Rat, Human, Yeast in Jalview 2.10).
  54     </p>
  55 </body>
  56 </html>