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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Sequence feature colour schemes</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>Sequence feature colour schemes</strong></p>
  25 <p>Jalview can visualize annotation present on parts of a sequence by
  26 overlaying colours according to the annotation present at each position.
  27 It allows features to be colored either according to type, or for a
  28 particular type, according to an individual feature's associated label
  29 or score. The <a href="featuresettings.html">Feature Settings dialog
  30 box</a> controls the order and display of each sequence annotation type, and
  31 also allows the colour scheme used for the the feature to be changed <em>via</em>
  32 the 'Graduated Colour' option in the sequence feature pop-up menu
  33 (obtained by right-clicking on a sequence feature).</p>
  34
  35 <center><img src="featurecoloursettings.gif"><br/>Graduated
  36 feature colour scheme settings dialog box</img></center>
  37 <p>The Graduated Feature Colour dialog box has the following
  38 controls:
  39 <ul>
  40         <li><em>Colour by Label</em> - when checked this derives a colour
  41         for each feature based on the label text.</li>
  42         <li><em>Min and Max Color boxes</em> - Click on these boxes to set
  43         the minimum and maximum colours used to shade features by their
  44         associated score.</li>
  45         <li><em>Threshold type combo box</em> - Allows features to be
  46         hidden features if their score is below or above a given threshold.<br />
  47         <em>Set the threshold using the slider or type it in to the text
  48         box. The threshold cannot be set outside the available range of feature
  49         scores.</em>
  50         </li>
  51         <li><em>Threshold is Min/Max</em> - When checked, the threshold
  52         will be used as the upper or lower limit when shading the features
  53         according to their score using the Min and Max colour.</li>
  54 </ul>
  55 </p>
  56 <p><strong>Icon styles for graduated feature styles</strong><br/>
  57 <p>When a graduated colourscheme is applied to a feature, it is indicated in the feature settings or amend feature dialog box by the following types of icon:<br/>
  58 <center><table width="50%" border="1">
  59 <tr><td><strong>Type of Colouring</strong></td><td><strong>Icon</strong></td></tr>
  60 <tr><td><em>Graduated colour by Feature Score</em></td><td><img src="fcsminmax.gif"/></td></tr>
  61 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (less than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsltthan.gif"/></td></tr>
  62 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (greater than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsgtthan.gif"/></td></tr>
  63 <tr><td><em>Colour by Feature Label (may also be thresholded)</em></td><td><img src="fcsntlabel.gif"/></td></tr>
  64 <tr>
  65         <td align="center" colspan="2">
  66                 <em>
  67                         <strong>The current threshold is given in the
  68         icon's tooltip.</strong>
  69                 </em>
  70         </td></tr></table></center></p>
  71 <em>Graduated feature colours were introduced in Jalview 2.5</em>
  72 </body>
  73 </html>