help/html/features/featureschemes.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence feature colour schemes</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>Sequence feature colour schemes</strong></p>
  28 <p>Jalview can visualize annotation present on parts of a sequence by
  29 overlaying colours according to the annotation present at each position.
  30 It allows features to be colored either according to type, or for a
  31 particular type, according to an individual feature's associated label
  32 or score. The <a href="featuresettings.html">Feature Settings dialog
  33 box</a> controls the order and display of each sequence annotation type, and
  34 also allows the colour scheme used for the the feature to be changed <em>via</em>
  35 the 'Graduated Colour' option in the sequence feature pop-up menu
  36 (obtained by right-clicking on a sequence feature).</p>
  37
  38 <center><img src="featurecoloursettings.gif"><br/>Graduated
  39 feature colour scheme settings dialog box</img></center>
  40 <p>The Graduated Feature Colour dialog box has the following
  41 controls:
  42 <ul>
  43         <li><em>Colour by Label</em> - when checked this derives a colour
  44         for each feature based on the label text.</li>
  45         <li><em>Min and Max Color boxes</em> - Click on these boxes to set
  46         the minimum and maximum colours used to shade features by their
  47         associated score.</li>
  48         <li><em>Threshold type combo box</em> - Allows features to be
  49         hidden features if their score is below or above a given threshold.<br />
  50         <em>Set the threshold using the slider or type it in to the text
  51         box. The threshold cannot be set outside the available range of feature
  52         scores.</em>
  53         </li>
  54         <li><em>Threshold is Min/Max</em> - When checked, the threshold
  55         will be used as the upper or lower limit when shading the features
  56         according to their score using the Min and Max colour.</li>
  57 </ul>
  58 </p>
  59 <p><strong>Icon styles for graduated feature styles</strong><br/>
  60 <p>When a graduated colourscheme is applied to a feature, it is indicated in the feature settings or amend feature dialog box by the following types of icon:<br/>
  61 <center><table width="50%" border="1">
  62 <tr><td><strong>Type of Colouring</strong></td><td><strong>Icon</strong></td></tr>
  63 <tr><td><em>Graduated colour by Feature Score</em></td><td><img src="fcsminmax.gif"/></td></tr>
  64 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (less than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsltthan.gif"/></td></tr>
  65 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (greater than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsgtthan.gif"/></td></tr>
  66 <tr><td><em>Colour by Feature Label (may also be thresholded)</em></td><td><img src="fcsntlabel.gif"/></td></tr>
  67 <tr>
  68         <td align="center" colspan="2">
  69                 <em>
  70                         <strong>The current threshold is given in the
  71         icon's tooltip.</strong>
  72                 </em>
  73         </td></tr></table></center></p>
  74 <em>Graduated feature colours were introduced in Jalview 2.5</em>
  75 </body>
  76 </html>