help/html/features/featureschemes.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Sequence feature colour schemes</title>
  38 </head>
  39
  40 <body>
  41 <p><strong>Sequence feature colour schemes</strong></p>
  42 <p>Jalview can visualize annotation present on parts of a sequence by
  43 overlaying colours according to the annotation present at each position.
  44 It allows features to be colored either according to type, or for a
  45 particular type, according to an individual feature's associated label
  46 or score. The <a href="featuresettings.html">Feature Settings dialog
  47 box</a> controls the order and display of each sequence annotation type, and
  48 also allows the colour scheme used for the the feature to be changed <em>via</em>
  49 the 'Graduated Colour' option in the sequence feature pop-up menu
  50 (obtained by right-clicking on a sequence feature).</p>
  51
  52 <center><img src="featurecoloursettings.gif"><br/>Graduated
  53 feature colour scheme settings dialog box</img></center>
  54 <p>The Graduated Feature Colour dialog box has the following
  55 controls:
  56 <ul>
  57         <li><em>Colour by Label</em> - when checked this derives a colour
  58         for each feature based on the label text.</li>
  59         <li><em>Min and Max Color boxes</em> - Click on these boxes to set
  60         the minimum and maximum colours used to shade features by their
  61         associated score.</li>
  62         <li><em>Threshold type combo box</em> - Allows features to be
  63         hidden features if their score is below or above a given threshold.<br />
  64         <em>Set the threshold using the slider or type it in to the text
  65         box. The threshold cannot be set outside the available range of feature
  66         scores.</em>
  67         </li>
  68         <li><em>Threshold is Min/Max</em> - When checked, the threshold
  69         will be used as the upper or lower limit when shading the features
  70         according to their score using the Min and Max colour.</li>
  71 </ul>
  72 </p>
  73 <p><strong>Icon styles for graduated feature styles</strong><br/>
  74 <p>When a graduated colourscheme is applied to a feature, it is indicated in the feature settings or amend feature dialog box by the following types of icon:<br/>
  75 <center><table width="50%" border="1">
  76 <tr><td><strong>Type of Colouring</strong></td><td><strong>Icon</strong></td></tr>
  77 <tr><td><em>Graduated colour by Feature Score</em></td><td><img src="fcsminmax.gif"/></td></tr>
  78 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (less than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsltthan.gif"/></td></tr>
  79 <tr><td><em>Graduated colour thresholded (greater than) by feature Score</em></td><td><img src="fcsgtthan.gif"/></td></tr>
  80 <tr><td><em>Colour by Feature Label (may also be thresholded)</em></td><td><img src="fcsntlabel.gif"/></td></tr>
  81 <tr>
  82         <td align="center" colspan="2">
  83                 <em>
  84                         <strong>The current threshold is given in the
  85         icon's tooltip.</strong>
  86                 </em>
  87         </td></tr></table></center></p>
  88 <em>Graduated feature colours were introduced in Jalview 2.5</em>
  89 </body>
  90 </html>