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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong></p>
  27 <p>Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> menu entry
  28 in an alignment window to open the feature settings dialog box, which
  29 allows you to precisely control the presence and appearance of sequence
  30 features for the current alignment.</p>
  31 <center><img src="featureSettings.gif" width="400" height="452">
  32 <br>
  33 Sequence Feature Settings for the Jalview Application</img></center>
  34 <p>The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  35 groups, along with a tickbox for each that controls whether its features
  36 are displayed. The table in the middle lists all the features in the
  37 currently selected groups, along with their display style and whether
  38 they are currently being displayed (only the ticked features and groups
  39 are displayed). <strong><em>You can change the colour or
  40 shading style used for a feature in the associated alignment by clicking
  41 on its colour box.</em></strong></p>
  42         <p>
  43                 <a name="selectbyfeature"><strong><em>Selecting
  44                                         alignment columns by feature</em></strong></a><br> <strong>Double-clicking
  45                         a feature type</strong> in the <strong>Feature
  46                         Settings</strong> dialog allows you to select columns in the
  47                 alignment that contain (or do not contain) features of that type. If a
  48                 region of the alignment is currently selected, then only features in
  49                 the current selection will be searched. The following keys affect the
  50                 way in which selections are made:<ul>
  51                 <li>Hold down <strong>Alt</strong> to select columns not
  52                         containing features of a particular type.
  53                 </li>
  54                 <li>Hold down <strong>Shift</strong> to add columns to the
  55                         current selection.
  56                 </li>
  57                 <li>Press <strong>Command/Windows key</strong> to toggle column
  58                         selection state (XOR)
  59                 </li>
  60         </ul>
  61         Options are also provided in the feature's pop-up menu (see below).
  62         <br />
  63         <em>Select columns by feature was added in Jalview 2.8.1</em>
  64         </p>
  65   <p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
  66 <strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu that
  67 allows you to sort the alignment or current selection using that feature
  68 type (see below), or toggle the type of colouring used for the feature.
  69 Features may be highlighted with either a single colour or a <a
  70         href="featureschemes.html">feature colourscheme</a> based on either the
  71 scores associated with that feature or from the feature's description
  72 (e.g. to distinguish different names associated with a DOMAIN feature).</p>
  73 <p><strong>Ordering alignment by features</strong><br>
  74 The 'Seq Sort by Score' and 'Seq Sort by Density' buttons will sort the
  75 alignment based on the average score or total number of currently active
  76 features and groups on each sequence. To order the alignment using a
  77 specific feature type, use the <em>sort by ..</em> entries in the pop-up
  78 menu for that type.<br>
  79 <em>Feature sorting and graduated feature colouring were introduced
  80 in Jalview 2.5</em></p>
  81
  82 <p><strong>Transparency and Feature Ordering</strong></p>
  83 <p>It is important to realise that sequence features are often not
  84 distinct and often overlap (for example, a metal binding site feature
  85 may be attached to one position along a stretch of sequence marked with
  86 a secondary structure feature).</p>
  87 <p>The ordering of the sequence features in the dialog box list is
  88 the order used by Jalview for rendering sequence features. A feature at
  89 the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher up in
  90 the list.<br>
  91 <em><strong>You can change the order of a feature by
  92 dragging it up and down the list with the mouse</strong></em>.</p>
  93 <p>The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently
  94 only available in the application) will re-order the feature render
  95 ordering based on the average length of each feature type.</p>
  96 <p>The <strong><em>transparency slider setting</em></strong>
  97 (currently only available in the application version) controls the
  98 visibility of features rendered below other features. Reducing the
  99 transparency will mean that features at the top of the list can obscure
 100 features lower down, and increasing it allows the user to 'see through'
 101 the upper layers of a set of features.</p>
 102 <p><strong><em>You can save all features, with their
 103 current colours and visibility in a Jalview format file. </em></strong></p>
 104 </body>
 105 </html>