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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> menu entry in
  31     an alignment window to open the feature settings dialog box, which
  32     allows you to precisely control the presence and appearance of
  33     sequence features for the current alignment.
  34   </p>
  35   <center>
  36     <img src="featureSettings.gif" width="400" height="452"> <br>
  37     Sequence Feature Settings for the Jalview Application</img>
  38   </center>
  39   <p>
  40     The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  41     groups, along with a tickbox for each that controls whether its
  42     features are displayed. The table in the middle lists all the
  43     features in the currently selected groups, along with their display
  44     style and whether they are currently being displayed (only the
  45     ticked features and groups are displayed). <strong><em>You
  46         can change the colour or shading style used for a feature in the
  47         associated alignment by clicking on its colour box.</em></strong>
  48   </p>
  49   <p>
  50     <a name="selectbyfeature"><strong><em>Selecting
  51           alignment columns by feature</em></strong></a><br> <strong>Double-clicking
  52       a feature type</strong> in the <strong>Feature Settings</strong> dialog
  53     allows you to select columns in the alignment that contain (or do
  54     not contain) features of that type. If a region of the alignment is
  55     currently selected, then only features in the current selection will
  56     be searched. The following keys affect the way in which selections
  57     are made:
  58   <ul>
  59     <li>Hold down <strong>Alt</strong> to select columns not
  60       containing features of a particular type.
  61     </li>
  62     <li>Hold down <strong>Shift</strong> to add columns to the
  63       current selection.
  64     </li>
  65     <li>Press <strong>Command/Windows key</strong> to toggle column
  66       selection state (XOR)
  67     </li>
  68   </ul>
  69   Options are also provided in the feature's pop-up menu (see below).
  70   <br />
  71   <em>Select columns by feature was added in Jalview 2.8.1</em>
  72   </p>
  73   <p>
  74     <strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br> <strong>Right-click</strong>
  75     on a feature to open a pop-up menu that allows you to sort the
  76     alignment or current selection using that feature type (see below),
  77     or toggle the type of colouring used for the feature. Features may
  78     be highlighted with either a single colour or a <a
  79       href="featureschemes.html"
  80     >feature colourscheme</a> based on either the scores associated with
  81     that feature or from the feature's description (e.g. to distinguish
  82     different names associated with a DOMAIN feature).
  83   </p>
  84   <p>
  85     <strong>Ordering alignment by features</strong><br> The 'Seq
  86     Sort by Score' and 'Seq Sort by Density' buttons will sort the
  87     alignment based on the average score or total number of currently
  88     active features and groups on each sequence. To order the alignment
  89     using a specific feature type, use the <em>sort by ..</em> entries
  90     in the pop-up menu for that type.<br> <em>Feature sorting
  91       and graduated feature colouring were introduced in Jalview 2.5</em>
  92   </p>
  93
  94   <p>
  95     <strong>Transparency and Feature Ordering</strong>
  96   </p>
  97   <p>It is important to realise that sequence features are often not
  98     distinct and often overlap (for example, a metal binding site
  99     feature may be attached to one position along a stretch of sequence
 100     marked with a secondary structure feature).</p>
 101   <p>
 102     The ordering of the sequence features in the dialog box list is the
 103     order used by Jalview for rendering sequence features. A feature at
 104     the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher
 105     up in the list.<br> <em><strong>You can change
 106         the order of a feature by dragging it up and down the list with
 107         the mouse</strong></em>.
 108   </p>
 109   <p>
 110     The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently only
 111     available in the application) will re-order the feature render
 112     ordering based on the average length of each feature type.
 113   </p>
 114   <p>
 115     The <strong><em>transparency slider setting</em></strong> (currently
 116     only available in the application version) controls the visibility
 117     of features rendered below other features. Reducing the transparency
 118     will mean that features at the top of the list can obscure features
 119     lower down, and increasing it allows the user to 'see through' the
 120     upper layers of a set of features.
 121   </p>
 122   <p>
 123     <strong><em>You can save all features, with their
 124         current colours and visibility in a Jalview format file. </em></strong>
 125   </p>
 126 </body>
 127 </html>