help/html/features/featuresettings.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong></p>
   7 <p>Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> menu entry
   8 in an alignment window to open the feature settings dialog box, which
   9 allows you to precisely control the presence and appearance of sequence
  10 features for the current alignment.</p>
  11 <center><img src="featureSettings.gif" width="400" height="452">
  12 <br>
  13 Sequence Feature Settings for the Jalview Application</img></center>
  14 <p>The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  15 groups, along with a tickbox for each that controls whether its features
  16 are displayed. The table in the middle lists all the features in the
  17 currently selected groups, along with their display colour and whether
  18 they are currently being displayed (only the ticked features and groups
  19 are displayed). <strong><em>You can change the colour used
  20 for a feature in the associated alignment by clicking on its colour box.</em></strong></p>
  21 <p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
  22 <strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu that
  23 allows you to sort the alignment or current selection using that feature
  24 type (see below), or create a <a href="featureschemes.html">feature
  25 colourscheme</a> based on either the scores associated with that feature or
  26 from the feature's description (e.g. to distinguish different names
  27 associated with a DOMAIN feature).</p>
  28 <p><strong>Ordering alignment by features</strong><br>
  29 The 'Seq Sort by Score' and 'Seq Sort by Density' buttons will sort the
  30 alignment based on the average score or total number of currently active
  31 features and groups on each sequence. To order the alignment using a
  32 specific feature type, use the <em>sort by ..</em> entries in the pop-up
  33 menu for that type.<br>
  34 <em>Feature sorting and graduated feature colouring was introduced
  35 in jalview 2.5</em></p>
  36
  37 <p><strong>Transparency and Feature Ordering</strong></p>
  38 <p>It is important to realise that sequence features are often not
  39 distinct and often overlap (for example, a metal binding site feature
  40 may be attached to one position along a stretch of sequence marked with
  41 a secondary structure feature).</p>
  42 <p>The ordering of the sequence features in the dialog box list is
  43 the order used by jalview for rendering sequence features. A feature at
  44 the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher up in
  45 the list.<br>
  46 <em><strong>You can change the order of a feature by
  47 dragging it up and down the list with the mouse</strong></em>.</p>
  48 <p>The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently
  49 only available in the application) will re-order the feature render
  50 ordering based on the average length of each feature type.</p>
  51 <p>The <strong><em>transparency slider setting</em></strong>
  52 (currently only available in the application version) controls the
  53 visibility of features rendered below other features. Reducing the
  54 transparency will mean that features at the top of the list can obscure
  55 features lower down, and increasing it allows the user to 'see through'
  56 the upper layers of a set of features.</p>
  57 <p><strong><em>You can save all features, with their
  58 current colours and visibility in a Jalview format file. </em></strong></p>
  59 </body>
  60 </html>