help/html/features/featuresettings.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong></p>
  25 <p>Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> menu entry
  26 in an alignment window to open the feature settings dialog box, which
  27 allows you to precisely control the presence and appearance of sequence
  28 features for the current alignment.</p>
  29 <center><img src="featureSettings.gif" width="400" height="452">
  30 <br>
  31 Sequence Feature Settings for the Jalview Application</img></center>
  32 <p>The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  33 groups, along with a tickbox for each that controls whether its features
  34 are displayed. The table in the middle lists all the features in the
  35 currently selected groups, along with their display style and whether
  36 they are currently being displayed (only the ticked features and groups
  37 are displayed). <strong><em>You can change the colour or
  38 shading style used for a feature in the associated alignment by clicking
  39 on its colour box.</em></strong></p>
  40         <p>
  41                 <a name="selectbyfeature"><strong><em>Selecting
  42                                         alignment columns by feature</em></strong></a><br> <strong>Double-clicking
  43                         a feature type</strong> allows you to select columns in the alignment that
  44                 contain (or do not contain) features of that type. If a region of the
  45                 alignment is currently selected, then only features in the current
  46                 selection will be searched. The following keys affect the way in which
  47                 selections are made:
  48
  49         <ul>
  50                 <li>Hold down <strong>Alt</strong> to select columns not
  51                         containing features of a particular type.
  52                 </li>
  53                 <li>Hold down <strong>Shift</strong> to add columns to the
  54                         current selection.
  55                 </li>
  56                 <li>Press <strong>Command/Windows key</strong> to toggle column
  57                         selection state (XOR)
  58                 </li>
  59         </ul>
  60         Options are also provided in the feature's pop-up menu (see below).
  61         <br />
  62         <em>Select columns by feature was added in Jalview 2.8.1</em>
  63         </p>
  64   <p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
  65 <strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu that
  66 allows you to sort the alignment or current selection using that feature
  67 type (see below), or toggle the type of colouring used for the feature.
  68 Features may be highlighted with either a single colour or a <a
  69         href="featureschemes.html">feature colourscheme</a> based on either the
  70 scores associated with that feature or from the feature's description
  71 (e.g. to distinguish different names associated with a DOMAIN feature).</p>
  72 <p><strong>Ordering alignment by features</strong><br>
  73 The 'Seq Sort by Score' and 'Seq Sort by Density' buttons will sort the
  74 alignment based on the average score or total number of currently active
  75 features and groups on each sequence. To order the alignment using a
  76 specific feature type, use the <em>sort by ..</em> entries in the pop-up
  77 menu for that type.<br>
  78 <em>Feature sorting and graduated feature colouring was introduced
  79 in jalview 2.5</em></p>
  80
  81 <p><strong>Transparency and Feature Ordering</strong></p>
  82 <p>It is important to realise that sequence features are often not
  83 distinct and often overlap (for example, a metal binding site feature
  84 may be attached to one position along a stretch of sequence marked with
  85 a secondary structure feature).</p>
  86 <p>The ordering of the sequence features in the dialog box list is
  87 the order used by jalview for rendering sequence features. A feature at
  88 the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher up in
  89 the list.<br>
  90 <em><strong>You can change the order of a feature by
  91 dragging it up and down the list with the mouse</strong></em>.</p>
  92 <p>The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently
  93 only available in the application) will re-order the feature render
  94 ordering based on the average length of each feature type.</p>
  95 <p>The <strong><em>transparency slider setting</em></strong>
  96 (currently only available in the application version) controls the
  97 visibility of features rendered below other features. Reducing the
  98 transparency will mean that features at the top of the list can obscure
  99 features lower down, and increasing it allows the user to 'see through'
 100 the upper layers of a set of features.</p>
 101 <p><strong><em>You can save all features, with their
 102 current colours and visibility in a Jalview format file. </em></strong></p>
 103 </body>
 104 </html>