help/html/features/featuresettings.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong></p>
  24 <p>Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> menu entry
  25 in an alignment window to open the feature settings dialog box, which
  26 allows you to precisely control the presence and appearance of sequence
  27 features for the current alignment.</p>
  28 <center><img src="featureSettings.gif" width="400" height="452">
  29 <br>
  30 Sequence Feature Settings for the Jalview Application</img></center>
  31 <p>The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  32 groups, along with a tickbox for each that controls whether its features
  33 are displayed. The table in the middle lists all the features in the
  34 currently selected groups, along with their display style and whether
  35 they are currently being displayed (only the ticked features and groups
  36 are displayed). <strong><em>You can change the colour or
  37 shading style used for a feature in the associated alignment by clicking
  38 on its colour box.</em></strong></p>
  39 <p><strong><em>Feature settings pop-up menu</em></strong><br>
  40 <strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu that
  41 allows you to sort the alignment or current selection using that feature
  42 type (see below), or toggle the type of colouring used for the feature.
  43 Features may be highlighted with either a single colour or a <a
  44         href="featureschemes.html">feature colourscheme</a> based on either the
  45 scores associated with that feature or from the feature's description
  46 (e.g. to distinguish different names associated with a DOMAIN feature).</p>
  47 <p><strong>Ordering alignment by features</strong><br>
  48 The 'Seq Sort by Score' and 'Seq Sort by Density' buttons will sort the
  49 alignment based on the average score or total number of currently active
  50 features and groups on each sequence. To order the alignment using a
  51 specific feature type, use the <em>sort by ..</em> entries in the pop-up
  52 menu for that type.<br>
  53 <em>Feature sorting and graduated feature colouring was introduced
  54 in jalview 2.5</em></p>
  55
  56 <p><strong>Transparency and Feature Ordering</strong></p>
  57 <p>It is important to realise that sequence features are often not
  58 distinct and often overlap (for example, a metal binding site feature
  59 may be attached to one position along a stretch of sequence marked with
  60 a secondary structure feature).</p>
  61 <p>The ordering of the sequence features in the dialog box list is
  62 the order used by jalview for rendering sequence features. A feature at
  63 the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher up in
  64 the list.<br>
  65 <em><strong>You can change the order of a feature by
  66 dragging it up and down the list with the mouse</strong></em>.</p>
  67 <p>The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently
  68 only available in the application) will re-order the feature render
  69 ordering based on the average length of each feature type.</p>
  70 <p>The <strong><em>transparency slider setting</em></strong>
  71 (currently only available in the application version) controls the
  72 visibility of features rendered below other features. Reducing the
  73 transparency will mean that features at the top of the list can obscure
  74 features lower down, and increasing it allows the user to 'see through'
  75 the upper layers of a set of features.</p>
  76 <p><strong><em>You can save all features, with their
  77 current colours and visibility in a Jalview format file. </em></strong></p>
  78 </body>
  79 </html>