help/html/features/featuresettings.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong></p>
   7 <p>Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> menu entry
   8 in an alignment window to open the feature settings dialog box, which
   9 allows you to precisely control the presence and appearance of sequence
  10 features for the current alignment.</p>
  11 <center><img src="featureSettings.gif" width="351" height="350">
  12 <br>
  13 Sequence Feature Settings for the Jalview Application</img></center>
  14 <p>The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  15 groups, along with a tickbox for each that controls whether its features
  16 are displayed. The table in the middle lists all the features in the
  17 currently selected groups, along with their display colour and whether
  18 they are currently being displayed (only the ticked features and groups
  19 are displayed). <strong><em>You can change the colour used
  20 for a feature in the associated alignment by clicking on its colour box.</em></strong></p>
  21 <p><strong>Ordering alignment by features</strong><br>
  22 Right click on a feature type to order the alignment by either the
  23 feature's score, or the number of features of that type. The 'Order by
  24 Score' and 'Order by Density' buttons will order the alignnment based on
  25 the average score or total number of currently active features and
  26 groups on each sequence. (Experimental - added in jalview 2.4.1)</p>
  27 <p><strong>Transparency and Feature Ordering</strong></p>
  28 <p>It is important to realise that sequence features are often not
  29 distinct and often overlap (for example, a metal binding site feature
  30 may be attached to one position along a stretch of sequence marked with
  31 a secondary structure feature).</p>
  32 <p>The ordering of the sequence features in the dialog box list is
  33 the order used by jalview for rendering sequence features. A feature at
  34 the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher up in
  35 the list.<br>
  36 <em><strong>You can change the order of a feature by
  37 dragging it up and down the list with the mouse</strong></em>.</p>
  38 <p>The <strong><em>Optimise order</em></strong> button (currently
  39 only available in the application) will re-order the feature render
  40 ordering based on the average length of each feature type.</p>
  41 <p>The <strong><em>transparency slider setting</em></strong>
  42 (currently only available in the application version) controls the
  43 visibility of features rendered below other features. Reducing the
  44 transparency will mean that features at the top of the list can obscure
  45 features lower down, and increasing it allows the user to 'see through'
  46 the upper layers of a set of features.</p>
  47 <p><strong>Right-click</strong> on a feature to open a pop-up menu
  48 that allows you to sort the alignment or current selection using that
  49 feature type, or create a graduated feature colourscheme based on the
  50 scores associated with that feature.</p>
  51 <p><strong><em>You can save all features, with their
  52 current colours and visibility in a Jalview format file. </em></strong></p>
  53 </body>
  54 </html>