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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Hidden Regions</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Hidden Regions</strong></p>
  24 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected
  25 columns and sequences. To hide / reveal only selected sequences, use
  26 &quot;Shift H&quot;, to hide / reveal only selected columns, use
  27 &quot;Control H&quot;. You can also use &quot;Shift&quot; and
  28 &quot;Control&quot; together to hide everything but the currently
  29 selected region.</p>
  30 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>
  31 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View
  32 -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  33 Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence
  34 Ids.</p>
  35 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or
  36 web service alignments performed on visible sequences.</p>
  37 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  38 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then
  39 selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with
  40 SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding sequences, any edits
  41 performed on the visible group representative will be propogated to all
  42 the sequences in that group. <br>
  43 The hidden representative sequences will not be used in any calculations
  44 or web service alignments (<em>nb. this may change in the future</em>).
  45 <p><strong><em>Hidden Sequence Representatives and
  46 Multiple Views</em></strong><br>
  47 <em>A word of warning: hidden representative sequence groups are
  48 (still) only partly implemented in the jalview 2.5 release, and we hope
  49 to deal with the following issues in the future.</em><br>
  50 Currently, represented hidden groups are only made correctly if there is
  51 just one alignment view. When multiple views on an alignment exist, then
  52 the represented group will be displayed correctly in the view in which
  53 it was made, but in other views, both representative and hidden
  54 sequences will be visible, but will behave as if they are grouped. <br>
  55 Hidden representatives are propagated correctly to a new view if they
  56 exist in the current view. However, if the represented sequences are
  57 revealed in any one view, then in all other views they will simply be
  58 marked as hidden, and their association with the representative sequence
  59 will be lost.<br>
  60 </blockquote>
  61 </p>
  62 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>
  63 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View
  64 -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within
  65 a region of selected columns in the scale above the alignment (only
  66 available in non wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide
  67 Columns&quot;</strong>.</p>
  68 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain
  69 constraints apply:
  70 <ul>
  71         <li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em>
  72         you cannot move residues across a hidden column boundary.</li>
  73         <li><strong><a href="../calculations/tree.html">Tree</a></strong>,
  74         <strong><a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  75         alignment</a></strong> and <strong><a href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong>
  76         calculations will only be performed using the <em>visible</em> parts of
  77         the alignment.</li>
  78         <li><a href="../webservices/msaclient.html">Multiple Sequence
  79         Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of the input,
  80         and concatenated with the hidden regions to form the final result.
  81 </p>
  82 </li>
  83 </ul>
  84 <p><strong>Column Separability</strong><br>
  85 Calculations where hidden columns are excluded, and a single analysis
  86 performed on the result, are termed <em>column-separable</em>. The
  87 simple Tree and PCA calculations are column separable because
  88 essentially the same results would be obtained if the excluded hidden
  89 columns were replaced by gaps as the input to the calculation.</p>
  90 <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction
  91 are both non-column-separable, and so the exclusion of hidden regions
  92 leads to only 'locally optimal' results - sometimes different to that
  93 obtained when using the full alignment.</p>
  94 <p>&nbsp;</p>
  95 <p>&nbsp;</p>
  96 <p>&nbsp;</p>
  97 </body>
  98 </html>