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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Hidden Regions</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Hidden Regions</strong></p>
  27 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected
  28 columns and sequences. To hide / reveal only selected sequences, use
  29 &quot;Shift H&quot;, to hide / reveal only selected columns, use
  30 &quot;Control H&quot;. You can also use &quot;Shift&quot; and
  31 &quot;Control&quot; together to hide everything but the currently
  32 selected region.</p>
  33 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>
  34 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View
  35 -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  36 Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence
  37 Ids.</p>
  38 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or
  39 web service alignments performed on visible sequences.</p>
  40 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  41 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then
  42 selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with
  43 SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding sequences, any edits
  44 performed on the visible group representative will be propagated to all
  45 the sequences in that group. <br>
  46 The hidden representative sequences will not be used in any calculations
  47 or web service alignments (<em>nb. this may change in the future</em>).
  48 <p><strong><em>Hidden Sequence Representatives and
  49 Multiple Views</em></strong><br>
  50 <em>A word of warning: hidden representative sequence groups are
  51 (still) only partly implemented in the jalview 2.5 release, and we hope
  52 to deal with the following issues in the future.</em><br>
  53 Currently, represented hidden groups are only made correctly if there is
  54 just one alignment view. When multiple views on an alignment exist, then
  55 the represented group will be displayed correctly in the view in which
  56 it was made, but in other views, both representative and hidden
  57 sequences will be visible, but will behave as if they are grouped. <br>
  58 Hidden representatives are propagated correctly to a new view if they
  59 exist in the current view. However, if the represented sequences are
  60 revealed in any one view, then in all other views they will simply be
  61 marked as hidden, and their association with the representative sequence
  62 will be lost.<br>
  63 </blockquote>
  64 </p>
  65 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>
  66 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View
  67 -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within
  68 a region of selected columns in the scale above the alignment (only
  69 available in non wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide
  70 Columns&quot;</strong>.</p>
  71 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain
  72 constraints apply:
  73 <ul>
  74         <li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em>
  75         you cannot move residues across a hidden column boundary.</li>
  76         <li><strong><a href="../calculations/tree.html">Tree</a></strong>,
  77         <strong><a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  78         alignment</a></strong> and <strong><a href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong>
  79         calculations will only be performed using the <em>visible</em> parts of
  80         the alignment.</li>
  81         <li><a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
  82         Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of the input,
  83         and concatenated with the hidden regions to form the final result.
  84 </p>
  85 </li>
  86 </ul>
  87 <p><strong>Column Separability</strong><br>
  88 Calculations where hidden columns are excluded, and a single analysis
  89 performed on the result, are termed <em>column-separable</em>. The
  90 simple Tree and PCA calculations are column separable because
  91 essentially the same results would be obtained if the excluded hidden
  92 columns were replaced by gaps as the input to the calculation.</p>
  93 <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction
  94 are both non-column-separable, and so the exclusion of hidden regions
  95 leads to only 'locally optimal' results - sometimes different to that
  96 obtained when using the full alignment.</p>
  97 <p>&nbsp;</p>
  98 <p>&nbsp;</p>
  99 <p>&nbsp;</p>
 100 </body>
 101 </html>