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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  19 -->
  20 <head>
  21 <title>Hidden Regions</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Hidden Regions</strong></p>
  25 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected
  26 columns and sequences. To hide / reveal only selected sequences, use
  27 &quot;Shift H&quot;, to hide / reveal only selected columns, use
  28 &quot;Control H&quot;. You can also use &quot;Shift&quot; and
  29 &quot;Control&quot; together to hide everything but the currently
  30 selected region.</p>
  31 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>
  32 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View
  33 -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  34 Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence
  35 Ids.</p>
  36 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or
  37 web service alignments performed on visible sequences.</p>
  38 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  39 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then
  40 selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with
  41 SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding sequences, any edits
  42 performed on the visible group representative will be propogated to all
  43 the sequences in that group. <br>
  44 The hidden representative sequences will not be used in any calculations
  45 or web service alignments (<em>nb. this may change in the future</em>).
  46 <p><strong><em>Hidden Sequence Representatives and
  47 Multiple Views</em></strong><br>
  48 <em>A word of warning: hidden representative sequence groups are
  49 (still) only partly implemented in the jalview 2.5 release, and we hope
  50 to deal with the following issues in the future.</em><br>
  51 Currently, represented hidden groups are only made correctly if there is
  52 just one alignment view. When multiple views on an alignment exist, then
  53 the represented group will be displayed correctly in the view in which
  54 it was made, but in other views, both representative and hidden
  55 sequences will be visible, but will behave as if they are grouped. <br>
  56 Hidden representatives are propagated correctly to a new view if they
  57 exist in the current view. However, if the represented sequences are
  58 revealed in any one view, then in all other views they will simply be
  59 marked as hidden, and their association with the representative sequence
  60 will be lost.<br>
  61 </blockquote>
  62 </p>
  63 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>
  64 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View
  65 -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within
  66 a region of selected columns in the scale above the alignment (only
  67 available in non wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide
  68 Columns&quot;</strong>.</p>
  69 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain
  70 constraints apply:
  71 <ul>
  72         <li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em>
  73         you cannot move residues across a hidden column boundary.</li>
  74         <li><strong><a href="../calculations/tree.html">Tree</a></strong>,
  75         <strong><a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  76         alignment</a></strong> and <strong><a href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong>
  77         calculations will only be performed using the <em>visible</em> parts of
  78         the alignment.</li>
  79         <li><a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
  80         Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of the input,
  81         and concatenated with the hidden regions to form the final result.
  82 </p>
  83 </li>
  84 </ul>
  85 <p><strong>Column Separability</strong><br>
  86 Calculations where hidden columns are excluded, and a single analysis
  87 performed on the result, are termed <em>column-separable</em>. The
  88 simple Tree and PCA calculations are column separable because
  89 essentially the same results would be obtained if the excluded hidden
  90 columns were replaced by gaps as the input to the calculation.</p>
  91 <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction
  92 are both non-column-separable, and so the exclusion of hidden regions
  93 leads to only 'locally optimal' results - sometimes different to that
  94 obtained when using the full alignment.</p>
  95 <p>&nbsp;</p>
  96 <p>&nbsp;</p>
  97 <p>&nbsp;</p>
  98 </body>
  99 </html>