help/html/features/jalarchive.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Jalview Archives</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40
  41 <p><strong>Jalview Project Archives</strong>
  42 </p>
  43
  44 <p>These are java archives of an XML file containing alignments, trees and Jalview
  45   display information. A data exchange standard is currently being developed,
  46   so there is no stable schema yet, but Jalview web services will soon make use
  47   of the same interchange format.</p>
  48 <p>For those who want to know...<br>
  49   Jalview uses java classes automatically created using <a href="http://www.castor.org">Castor</a>.
  50   Jalview 2.08 uses descriptor classes which significantly increase the speed
  51   of marshalling / unmarshalling java objects into XML. Files created prior to
  52   Jalview 2.08 can still be read in, but they will be saved in the new format.
  53 </p>
  54 </body>
  55 </html>