help/html/features/mmcif.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <meta charset="UTF-8">
   5 <title>mmCIF File Format</title>
   6 </head>
   7 <body>
   8   <strong>What is mmCIF ?</strong>
   9   <br />mmCIF stands for 'macro-molecular Crystallographic Information
  10   File'. This format was developed by the PDB consortium and the
  11   International Union of Crystallography (IUCr), based on
  12   Crystallographic Information File (CIF), a format used for describing
  13   the structures of small molecules.<br/>mmCIF became the recommended format
  14   for the exchange of biomacromolecular structures in 2014.
  15   <p>
  16     <strong>mmCIF and Jalview</strong> <br />Since Jalview 2.10, mmCIF
  17     is used for structures downloaded from the PDB. This means:
  18   </p>
  19   <ol>
  20     <li>Jalview can use the mmCIF to read structures that are too
  21       large to be represented by a single PDB file. (ie, with more than
  22       >62 chains and/or 99999 ATOM records).</li>
  23     <li>Jalview users will have access to the richer annotation
  24       provided by PDBx/mmCIF files.</li>
  25     <li>There may be slight differences between sequences
  26       containing modified residues for structures downloaded in mmCIF
  27       format. This is because mmCIF differs from the PDB format in the
  28       way it describes non-standard sequence data.</li>
  29   </ol>
  30
  31   <em>Support for importing 3D structure data from flat file and
  32     EMBL-PDBe as mmCIF was added in Jalview 2.10</em>
  33 </body>
  34 </html>