help/html/features/multipleViews.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Multiple Alignment Views</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Multiple Alignment Views</strong></p>
  24 <p>Multiple alignment views allows the same alignment to be viewed
  25 independently in many different ways simultaneously. Each view is an
  26 independent visualization of the same alignment, so each may have a
  27 different ordering, colouring, row and column hiding and seuqence
  28 feature and annotation display setting, but alignment, feature and
  29 annotation edits are common to all, since this affects the underlying
  30 data.</p>
  31 <p>Create a new view using the <strong>&quot;View&#8594;New
  32 View&quot;</strong> menu item, or by pressing <strong>Control+T</strong>. A newly
  33 created view will be identical to the view it was created from, but any
  34 changes to the way the alignment is coloured or displayed will only
  35 affect the new view.</p>
  36 <!--  TODO sharing selections between views -->
  37 <p>A particular view may focus on some specific aspect of an
  38 alignment - for example, hiding all but the region of an alignment
  39 containing a particular domain. <strong>Right-clicking</strong> a view's
  40 tab opens the View Name dialog box, allowing it to be renamed to
  41 something more meaningful.</p>
  42 <p><strong>Viewing Multiple Views Simultaneously</strong></p>
  43 <p>Multiple views of an alignment are, by default, gathered together
  44 as tabs within a single alignment window. They can be viewed
  45 simultanously by pressing <strong>X</strong> (or via <strong>&quot;View&#8594;Expand&quot;</strong>)
  46 to expand each view into its own linked alignment window. Expanded views
  47 are gathered back into into a single tabbed alignment window by pressing
  48 <strong>G</strong>, or by selecting <strong>&quot;View&#8594;Gather&quot;</strong>).
  49 </p>
  50 <p><strong>Hidden Sequence Representatives and Multiple
  51 Views</strong></p>
  52 <p>There are some unexpected interactions between hidden sequence
  53 representatives and their display in multiple views. See the
  54 corresponding entry in the <a href="hiddenRegions.html">documentation
  55 for hidden regions</a>.</p>
  56 <p><strong>Structure and Analysis Viewers and Multiple
  57 Views</strong></p>
  58 <p>A tree calculated on a particular view, or loaded onto it, is by
  59 default associated with just that view. However, the <a
  60         href="../calculations/treeviewer.html">Tree Viewer's</a> <strong>&quot;View&#8594;Associate
  61 leaves&quot;</strong> submenu allows a tree's view association to be changed to
  62 to any or all other views.</p>
  63 <p>The results of a <a href="../calculations/pca.html">PCA
  64 calculation</a> on a particular view may also be associated with other
  65 views, using the PCA Viewer's <strong>&quot;View&#8594;Associate
  66 Nodes&quot;</strong> submenu.</p>
  67 <p><a href="jmol.html">PDB Structure Viewers</a>
  68 opened on a structure associated with a sequence in a particular view are now (as of Jalview 2.3) associated with the same sequence in all views. This means that when 'Colour by Sequence' is selected in the structure view, the colour will be updated to the colours given in the view with the current input focus.
  69 <!--
  70  also, by default, only be associated
  71 with the sequence as it is displayed in that view. The
  72 &quot;View&#8594;Associate View&quot; submenu allows the association of
  73 alternative views.</p> -->
  74 <p><em>Multiple Views were introduced in Jalview 2.2</em></p>
  75 </body>
  76 </html>