help/html/features/overview.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Overview Window</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>View&#8594;Overview window</strong>
  28   </p>
  29   <p>Select the overview window menu item to get a navigable image
  30     of the whole alignment.</p>
  31   <p>The red box indicates the currently viewed region of the
  32     alignment, this may be moved by clicking and dragging with the
  33     mouse.</p>
  34   <p>Click anywhere else in the overview to centre the view on that
  35     position</p>
  36     <p></p>
  37   <p>
  38     <strong>Hiding hidden regions in the overview</strong>
  39   </p>
  40   <p>
  41     Hidden sequences and columns are by default shown as dark-grey rows
  42     and columns in the overview. Hidden regions can also be omitted
  43     entirely (to make the Overview 'WYSIWIG') by <strong>Right-clicking</strong>
  44     (or CMD-Clicking) to open the overview's popup menu.<br />
  45     <br /> <em>The option to include/exclude hidden regions in the
  46       overview was introduced in Jalview 2.10.2</em>.
  47
  48   <p>
  49     <img src="overview.gif" width="407" height="137">
  50   </p>
  51   <p>&nbsp;</p>
  52 </body>
  53 </html>