help/html/features/preferences.html

   1 <html>
   2
   3 <head><title>Preferences</title></head>
   4
   5 <body>
   6 <p><strong>Preferences</strong></p>
   7 <p>There are four tabs in the Preferences dialog box:
   8 <ul>
   9   <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong> Preferences</a>
  10     tab allows you to configure the default display for a new alignment window.
  11   </li>
  12   <li>The <a
  13   href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong> Preferences</a>
  14     tab allows you to change the links made from Jalview to your default web browser.
  15   </li>
  16   <li>The <a href="#output"><strong>&quot;Output&quot;</strong> Preferences</a>
  17     tab contains settings affecting the export of sequence alignments and EPS
  18     files. </li>
  19   <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong> Preferences</a>
  20     tab contains settings affecting the export of sequence alignments and EPS
  21     files.</li>
  22   <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;DAS Settings&quot;</strong> Preferences</a>
  23     tab allows you to select which DAS sources to use when fetching DAS Features.</li>
  24 </ul>
  25 </p>
  26 <p><strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong></p>
  27 <p><em>Maximise Window</em> - If this is selected, a new alignment window will stretch
  28   to fit the available space.</p>
  29 <p><em>Open Overview Window</em> - When this is selected, the <a
  30   href="overview.html">alignment overview</a> panel is opened by
  31   default for a new alignment window.</p>
  32 <p><em>Show Annotations</em> - If this is selected the new window will display an annotation
  33   panel below the sequences. This annotation panel may have several rows describing
  34   the whole alignment. The 3 standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em> and <em>Consensus</em>
  35   may be shown or hidden by default.</p>
  36 <p><em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display the name of a sequence
  37   plus the start and end residues in the format name/start-end. If not selected,
  38   the displayed ID will be the name of the sequence.</p>
  39 <p><em>Right Align IDs</em> - select to align all sequence IDs to the
  40 left-hand edge of the sequence alignment, rather than the left-hand
  41 edge of the alignment display window.</p>
  42 <p><em>Font</em> - The default font name, size and style can be set for a new
  43   alignment window. </p>
  44 <p><em>Sequence Name Italics</em> - select to apply the italicised
  45 vbersion of the font to sequence labels.</p>
  46 <p><em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster rendering
  47   of the alignment.</p>
  48 <p><em>Wrap Alignment</em> - Select whether to open new alignment windows in wrapped
  49   mode or not.</p>
  50 <p><em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either &quot;-&quot; or &quot;.&quot;</p>
  51 <p><em>Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment window. If
  52   the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last User Defined Colour
  53   loaded or saved via the User Defined Colours panel will be loaded. </p>
  54 <p><em>Sort by</em> - When the alignment is loaded in, it will can be sorted by
  55   Id or pairwise identity.</p>
  56 <p><em>Open file</em> - If this is selected then the default alignment file will
  57   be opened when Jalview is started. You can change the default file by clicking
  58   on file name and either typing in the file path or selecting it from the file
  59   chooser window. </p>
  60 <p><a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot; Preferences tab</strong></a></p>
  61 <p><em>URL Link From Sequence ID</em><br>
  62   Right click a sequence id to see a popup menu with &quot;Link&quot; as one of
  63   the items. By default the item &quot;SRS&quot; is added to this link menu. This
  64   link will show a web page in your default browser with the selected sequence
  65   id as part of the URL.<br>
  66   Jalview allows you to add your own custom links to other web pages. Click new
  67   to add a new link. You can name the link, this will be displayed on a new menu
  68   item under the &quot;Link&quot; menu when you right click on a sequence id.
  69   <br>
  70   You must enter $SEQUENCE_ID$ within your URL. This will be replaced by the chosen
  71   sequence id when you click on it. </p>
  72 <p>eg.<br>
  73   UniRef100 = http://www.ebi.uniprot.org/uniprot-srv/uniRefView.do?proteinAc=$SEQUENCE_ID$&amp;library=uniref100<br>
  74   Swissprot = http://www.expasy.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$</p>
  75 <p><em>Default Browser (Unix)</em><br>
  76   Its difficult in Java to detect the default web browser for Unix users. If Jalview
  77   can't find your default web browser, enter the name or full path to your web
  78   browser application. </p>
  79 <p><em>Proxy Server</em><br>
  80   If you normally use a proxy server for using the internet, you must tick the
  81   box &quot;Use a Proxy Server&quot; and enter the address and port details as
  82   necessary. Web Services will not work if you are using a proxy server and do
  83   not enter the settings here.</p>
  84 <p><a name="output"><strong>Output Preferences tab</strong></a></p>
  85 <p><em>EPS Rendering Style</em><br>
  86 This is a selection box which allows the
  87   user to set a default rendering style for EPS export:
  88 <ul><li>&quot;Lineart&quot;<br>EPS files will accurately
  89 reproduce the alignment view in Jalview and all characters will be
  90 converted into line art. Files generated in this way are large and are
  91 not easily editable, but have no font table dependencies.</li>
  92 <li>&quot;Text&quot;<br>EPS files will be a mixture of text and
  93 lineart. This produces compact files that can be edited easily in
  94 programs like Microsoft Word and Adobe Illustrator, but can be
  95 problematic if the fonts available to jalview are not accessible by
  96 the program reading the EPS file.
  97 <li>&quot;Prompt each time&quot;<br>Choose this to be asked select between Lineart and Text each time you make an EPS file.</li>
  98 </ul>
  99 </p>
 100 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>
 101   The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If these
 102   are ticked, then Jalview will write files with the start and end sequence positions
 103   appended to each sequence id:
 104 <pre>
 105   >ID/1-10
 106   AACDEAAFEA
 107 </pre>
 108 <p>If the boxes are left unchecked for a particular format, the sequence limits
 109   will not be appended to the sequence id. </p>
 110 </p>
 111 <p><em>Use Modeller Output</em></p>
 112 <p>This option only applies to PIR format output. Jalview
 113   automatically reads PIR files with sequence descriptions compatible
 114   with the program <a
 115   href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a>.
 116   If this option is selected <a href="../io/modellerpir.html">Jalview will write Modeller style PIR
 117   files</a> with correct start/end numbering and PDB file association (if
 118   available). The Jalview id/start-end option is ignored if Modeller output is selected.
 119 <p><a name="editing"><strong>Editing Preferences tab</strong></a></p>
 120 <p>There are currently 2 options available which can be selected / deselected.
 121 </p>
 122 <p><em>AutoCalculate Consensus</em> - For large alignments it can be useful to
 123   deselect &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents lengthy
 124   calculations which are performed after each sequence edit. New alignment windows
 125   will have their &quot;Autocalculate Consensus&quot; option set according to
 126   this setting. </p>
 127 <p><em>Pad gaps when editing</em> - New alignment windows will &quot;Pad Gaps&quot;
 128   according to this setting.</p>
 129 <p><a name="editing"><strong>DAS Settings </strong></a></p>
 130 <p>See <a href="dassettings.html">DAS Settings</a></p>
 131 <p>&nbsp;</p>
 132 <p>&nbsp;</p>
 133 </body>
 134 </html>