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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Preferences</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>Preferences</strong></p>
  28 <p>The preferences panel is opened from the Jalview Desktop&rsquo;s <strong><em>Tools</em></strong> menu.</p>
  29 <p>There are eight tabs in the Preferences dialog box:
  30 <ul>
  31         <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong>
  32         Preferences</a> tab allows you to configure the default display for a new
  33         alignment window.</li>
  34         <li>The <a href="#colours"><strong>&quot;Colours&quot;</strong>
  35         Preferences</a> tab allows you to configure default colourschemes for a new
  36         alignment window.</li>
  37         <li>The <a href="#structure"><strong>&quot;Structure&quot;</strong>
  38         Preferences</a> tab allows you to configure options for obtaining and displaying structure information.</li>
  39         <li>The <a href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong>
  40         Preferences</a> tab allows you to change the links made from Jalview to
  41         your default web browser.</li>
  42         <li>The <a href="#output"><strong>&quot;Output&quot;</strong>
  43         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  44         alignments and EPS files.</li>
  45         <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong>
  46         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  47         alignments and EPS files.</li>
  48         <li>The <a href="dassettings.html"><strong>&quot;DAS
  49         Settings&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to select which DAS sources
  50         to use when fetching DAS Features.</li>
  51         <li>The <a href="../webServices/webServicesPrefs.html"><strong>&quot;Web Service&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to configure the <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a> servers that Jalview uses, and change the layout of the alignment's Web Services menu.</li>
  52 </ul>
  53 </p>
  54 <p><strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong></p>
  55 <p><em>Maximise Window</em> - If this is selected, a new alignment
  56 window will stretch to fit the available space.</p>
  57 <p><em>Open Overview Window</em> - When this is selected, the <a
  58         href="overview.html">alignment overview</a> panel is opened by default
  59 for a new alignment window.</p>
  60 <p><em>Show Annotations</em> - If this is selected the new window
  61 will display an annotation panel below the sequences. This annotation
  62 panel may have several rows describing the whole alignment. The 3
  63 standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em> and <em>Consensus</em>
  64 for the alignment may be shown or hidden by default using the checkboxes
  65 below.</p>
  66 <p><em>Show group: Conservation and Consensus</em> controls the
  67 display of per-group automatic annotation.</p>
  68 <p><em>Consensus: Histogram and Logo</em> checkboxes control the
  69 display of the consensus histogram and sequence logo for consensus
  70 annotation rows.</p>
  71 <p><em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display
  72 the name of a sequence plus the start and end residues in the format
  73 name/start-end. If not selected, the displayed ID will be the name of
  74 the sequence.</p>
  75 <p><em>Right Align IDs</em> - select to align all sequence IDs to
  76 the left-hand edge of the sequence alignment, rather than the left-hand
  77 edge of the alignment display window.</p>
  78 <p><em>Font</em> - The default font name, size and style can be set
  79 for a new alignment window.</p>
  80 <p><em>Sequence ID Tooltip</em>: Control the display of Database
  81 References and Non-positional annotation in the tooltip displayed when
  82 the mouse is over a sequence's ID.</p>
  83 <p><em>Show Unconserved</em> - When this is selected, all consensus sequence
  84 symbols will be rendered as a '.', highlighting mutations in highly conserved alignments.</p>
  85 <p><em>Sequence Name Italics</em> - select to apply the italicised
  86 version of the font to sequence labels.</p>
  87 <p><em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster
  88 rendering of the alignment.</p>
  89 <p><em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either
  90 &quot;-&quot; or &quot;.&quot;</p>
  91 <p><em>Wrap Alignment</em> - Select whether to open new alignment
  92 windows in wrapped mode or not.</p>
  93 <p><em>Sort alignment by</em> - When the alignment is loaded in, it can
  94 be ordered as read (No sort), or sorted by Id or pairwise identity.</p>
  95 <p><em>Sort annotations by</em> - Annotations can be unsorted, sorted by the order of the related sequences in
  96 the alignment, or by label. Autocalculated annotations (e.g. Consensus) can be shown either last (below sequence
  97 annotations) or first (above sequence annotations). <em>Since Jalview 2.8.2.</em></p>
  98 <p><em>Open file</em> - If this is selected then the default
  99 alignment file will be opened when Jalview is started. You can change
 100 the default file by clicking on file name and either typing in the file
 101 path or selecting it from the file chooser window.<br/><em>Note: The default example alignment is updated periodically to demonstrate new features in Jalview.</em></p>
 102 <p><a name="colours"><strong>&quot;Colours&quot; Preferences tab</strong></p>
 103 <p><em>Alignment Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment
 104 window. If the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last
 105 User Defined Colour loaded or saved via the User Defined Colours panel
 106 will be loaded.</p>
 107         <p>
 108                 <em>Annotation Shading Default</em> - set the default minimum
 109                 and maximum colours used when <a
 110                         href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour by
 111                         Annotation...</a> is selected from the alignment window's colours menu.
 112         </p>
 113 <p><a name="structure"><strong>&quot;Structure&quot;
 114 Preferences tab</strong></a><em> added in Jalview 2.8.2</em></p>
 115 <p><em>Process secondary structure from PDB</em> - if selected, then structure information
 116 read from PDB will be processed and annotation added to associated sequences.
 117 <p><em>Use RNAView for secondary structure</em> - if selected, the pyRNA RNAView service (<a href="https://github.com/fjossinet/PyRNA">https://github.com/fjossinet/PyRNA</a>) will be
 118 called to derive secondary structure information for RNA chains.
 119 <p><em>Add secondary structure annotation to alignment</em> - if selected, <a href="http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/">Jmol's implementation DSSP</a> will be used to add annotation to polypeptide chains in the structure.
 120 <p><em>Add Temperature Factor annotation to alignment</em> - if selected, values extracted from the Temperature Factor
 121 column for the backbone atoms in the PDB file will be extracted as annotation lines shown on the alignment.
 122 <p><em>Default structure viewer</em> - choose JMOL or CHIMERA for viewing 3D structures.
 123 <p><em>Path to Chimera program</em> - Optional, as Jalview will search standard installation paths for Windows, Linux or MacOS.
 124 If you have installed Chimera in a non-standard location, you can specify it here, by entering the full path to the Chimera executable program.
 125 Double-click this field to open a file chooser dialog.
 126
 127 <p><a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot;
 128 Preferences tab</strong></a></p>
 129 <p><em>URL Link From Sequence ID</em><br>
 130 These definitions are used to generate URLs from a sequence's ID or
 131 database cross references. Read more about <a
 132         href="../webServices/urllinks.html#urllinks">configuring URL links
 133 here</a>.</p>
 134 <p><em>Default Browser (Unix)</em><br>
 135 Its difficult in Java to detect the default web browser for Unix users.
 136 If Jalview can't find your default web browser, enter the name or full
 137 path to your web browser application.</p>
 138 <p><em>Proxy Server</em><br>
 139 If you normally use a proxy server for using the internet, you must tick
 140 the box &quot;Use a Proxy Server&quot; and enter the address and port
 141 details as necessary. Web Services will not work if you are using a
 142 proxy server and do not enter the settings here.</p>
 143 <p><em>Usage statistics, Questionnaire and Version checks</em><br>
 144 Uncheck these options to prevent Jalview from submitting usage
 145 statistics to google analytics, checking for jalview questionnaires or
 146 retrieving details of the latest release version (at www.jalview.org).
 147 See the <a href="../privacy.html">user privacy statement</a> for more
 148 information.</p>
 149 <p><a name="output"><strong>Output Preferences tab</strong></a></p>
 150 <p><em>EPS Rendering Style</em><br>
 151 This is a selection box which allows the user to set a default rendering
 152 style for EPS export:
 153 <ul>
 154         <li>&quot;Prompt each time&quot;<br>
 155         Choose this to be asked select between Lineart and Text each time you
 156         make an EPS file.</li>
 157         <li>&quot;Lineart&quot;<br>
 158         EPS files will accurately reproduce the alignment view in Jalview and
 159         all characters will be converted into line art. Files generated in this
 160         way are large and are not easily editable, but have no font table
 161         dependencies.</li>
 162         <li>&quot;Text&quot;<br>
 163         EPS files will be a mixture of text and lineart. This produces compact
 164         files that can be edited easily in programs like Microsoft Word and
 165         Adobe Illustrator, but can be problematic if the fonts available to
 166         jalview are not accessible by the program reading the EPS file.
 167 </ul>
 168 <p><em>Automatically set ID width</em><br>
 169 When enabled, the column containing sequence and annotation labels at the left hand side of an exported figure will be made large enough to display each sequence ID and annotation label in its own line. Enable this if you have particularly long sequence IDs and need to generate EPS or PNG figures or web pages.</p>
 170 <p><em>Figure ID column width</em><br>
 171 Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if <em>&quot;Automatically set ID width&quot;</em> is set.
 172 </p>
 173 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>
 174 The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If
 175 these are ticked, then Jalview will write files with the start and end
 176 sequence positions appended to each sequence id: <pre>
 177   >ID/1-10
 178   AACDEAAFEA
 179 </pre>
 180 <p>If the boxes are left unchecked for a particular format, the
 181 sequence limits will not be appended to the sequence id.</p>
 182 <p><em>Use Modeller Output</em></p>
 183 <p>This option only applies to PIR format output. Jalview
 184 automatically reads PIR files with sequence descriptions compatible with
 185 the program <a href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a>. If this
 186 option is selected <a href="../io/modellerpir.html">Jalview will
 187 write Modeller style PIR files</a> with correct start/end numbering and PDB
 188 file association (if available). The Jalview id/start-end option is
 189 ignored if Modeller output is selected.
 190
 191 <p><a name="editing"><strong>Editing Preferences tab</strong></a></p>
 192 <p>There are currently three options available which can be selected /
 193 deselected.</p>
 194 <p><em>AutoCalculate Consensus</em> - For large alignments it can be
 195 useful to deselect &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing.
 196 This prevents lengthy calculations which are performed after each
 197 sequence edit. New alignment windows will have their &quot;Autocalculate
 198 Consensus&quot; option set according to this setting.</p>
 199 <p><em>Pad Gaps when Editing</em> - New alignment windows will
 200 &quot;Pad Gaps&quot; according to this setting.</p>
 201 <p><em>Sort with New Tree</em> - When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment.</p>
 202 <p>&nbsp;</p>
 203 <p>&nbsp;</p>
 204 </body>
 205 </html>