help/html/features/preferences.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Preferences</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>Preferences</strong></p>
  25 <p>There are four tabs in the Preferences dialog box:
  26 <ul>
  27         <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong>
  28         Preferences</a> tab allows you to configure the default display for a new
  29         alignment window.</li>
  30         <li>The <a href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong>
  31         Preferences</a> tab allows you to change the links made from Jalview to
  32         your default web browser.</li>
  33         <li>The <a href="#output"><strong>&quot;Output&quot;</strong>
  34         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  35         alignments and EPS files.</li>
  36         <li>The <a href="#editing"><strong>&quot;Editing&quot;</strong>
  37         Preferences</a> tab contains settings affecting the export of sequence
  38         alignments and EPS files.</li>
  39         <li>The <a href="dassettings.html"><strong>&quot;DAS
  40         Settings&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to select which DAS sources
  41         to use when fetching DAS Features.</li>
  42 </ul>
  43 </p>
  44 <p><strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong></p>
  45 <p><em>Maximise Window</em> - If this is selected, a new alignment
  46 window will stretch to fit the available space.</p>
  47 <p><em>Open Overview Window</em> - When this is selected, the <a
  48         href="overview.html">alignment overview</a> panel is opened by default
  49 for a new alignment window.</p>
  50 <p><em>Show Annotations</em> - If this is selected the new window
  51 will display an annotation panel below the sequences. This annotation
  52 panel may have several rows describing the whole alignment. The 3
  53 standard annotations <em>Conservation</em>, <em>Quality</em> and <em>Consensus</em>
  54 for the alignment may be shown or hidden by default using the checkboxes
  55 below.</p>
  56 <p><em>Show group: Conservation and Consensus</em> controls the
  57 display of per-group automatic annotation.</p>
  58 <p><em>Consensus: Histogram and Logo</em> checkboxes control the
  59 display of the consensus histogram and sequence logo for consensus
  60 annotation rows.</p>
  61 <p><em>Full Sequence ID</em> - If selected the ID panel will display
  62 the name of a sequence plus the start and end residues in the format
  63 name/start-end. If not selected, the displayed ID will be the name of
  64 the sequence.</p>
  65 <p><em>Right Align IDs</em> - select to align all sequence IDs to
  66 the left-hand edge of the sequence alignment, rather than the left-hand
  67 edge of the alignment display window.</p>
  68 <p><em>Font</em> - The default font name, size and style can be set
  69 for a new alignment window.</p>
  70 <p><em>Sequence ID Tooltip</em>: Control the display of Database
  71 References and Non-positional annotation in the tooltip displayed when
  72 the mouse is over a sequence's ID.</p>
  73 <p><em>Sequence Name Italics</em> - select to apply the italicised
  74 vbersion of the font to sequence labels.</p>
  75 <p><em>Smooth Font</em> - Toggles anti-aliasing on / off for faster
  76 rendering of the alignment.</p>
  77 <p><em>Wrap Alignment</em> - Select whether to open new alignment
  78 windows in wrapped mode or not.</p>
  79 <p><em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either
  80 &quot;-&quot; or &quot;.&quot;</p>
  81 <p><em>Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment
  82 window. If the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last
  83 User Defined Colour loaded or saved via the User Defined Colours panel
  84 will be loaded.</p>
  85 <p><em>Sort by</em> - When the alignment is loaded in, it will can
  86 be sorted by Id or pairwise identity.</p>
  87 <p><em>Open file</em> - If this is selected then the default
  88 alignment file will be opened when Jalview is started. You can change
  89 the default file by clicking on file name and either typing in the file
  90 path or selecting it from the file chooser window.</p>
  91 <p><a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot;
  92 Preferences tab</strong></a></p>
  93 <p><em>URL Link From Sequence ID</em><br>
  94 These definitions are used to generate URLs from a sequence's ID or
  95 database cross references. Read more about <a
  96         href="../webServices/urllinks.html#urllinks">configuring URL links
  97 here</a>.</p>
  98 <p><em>Default Browser (Unix)</em><br>
  99 Its difficult in Java to detect the default web browser for Unix users.
 100 If Jalview can't find your default web browser, enter the name or full
 101 path to your web browser application.</p>
 102 <p><em>Proxy Server</em><br>
 103 If you normally use a proxy server for using the internet, you must tick
 104 the box &quot;Use a Proxy Server&quot; and enter the address and port
 105 details as necessary. Web Services will not work if you are using a
 106 proxy server and do not enter the settings here.</p>
 107 <p><em>Usage statistics, Questionnaire and Version checks</em><br>
 108 Uncheck these options to prevent Jalview from submitting usage
 109 statistics to google analytics, checking for jalview questionnaires or
 110 retrieving details of the latest release version (at www.jalview.org).
 111 See the <a href="../privacy.html">user privacy statement</a> for more
 112 information.</p>
 113 <p><a name="output"><strong>Output Preferences tab</strong></a></p>
 114 <p><em>EPS Rendering Style</em><br>
 115 This is a selection box which allows the user to set a default rendering
 116 style for EPS export:
 117 <ul>
 118         <li>&quot;Lineart&quot;<br>
 119         EPS files will accurately reproduce the alignment view in Jalview and
 120         all characters will be converted into line art. Files generated in this
 121         way are large and are not easily editable, but have no font table
 122         dependencies.</li>
 123         <li>&quot;Text&quot;<br>
 124         EPS files will be a mixture of text and lineart. This produces compact
 125         files that can be edited easily in programs like Microsoft Word and
 126         Adobe Illustrator, but can be problematic if the fonts available to
 127         jalview are not accessible by the program reading the EPS file.
 128         <li>&quot;Prompt each time&quot;<br>
 129         Choose this to be asked select between Lineart and Text each time you
 130         make an EPS file.</li>
 131 </ul>
 132 </p>
 133 <p><em>Sequence//Start-End Numbering</em><br>
 134 The output tab also has a group of checkboxes for each file format. If
 135 these are ticked, then Jalview will write files with the start and end
 136 sequence positions appended to each sequence id: <pre>
 137   >ID/1-10
 138   AACDEAAFEA
 139 </pre>
 140 <p>If the boxes are left unchecked for a particular format, the
 141 sequence limits will not be appended to the sequence id.</p>
 142 </p>
 143 <p><em>Use Modeller Output</em></p>
 144 <p>This option only applies to PIR format output. Jalview
 145 automatically reads PIR files with sequence descriptions compatible with
 146 the program <a href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a>. If this
 147 option is selected <a href="../io/modellerpir.html">Jalview will
 148 write Modeller style PIR files</a> with correct start/end numbering and PDB
 149 file association (if available). The Jalview id/start-end option is
 150 ignored if Modeller output is selected.
 151 <p><a name="editing"><strong>Editing Preferences tab</strong></a></p>
 152 <p>There are currently 2 options available which can be selected /
 153 deselected.</p>
 154 <p><em>AutoCalculate Consensus</em> - For large alignments it can be
 155 useful to deselect &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing.
 156 This prevents lengthy calculations which are performed after each
 157 sequence edit. New alignment windows will have their &quot;Autocalculate
 158 Consensus&quot; option set according to this setting.</p>
 159 <p><em>Pad gaps when editing</em> - New alignment windows will
 160 &quot;Pad Gaps&quot; according to this setting.</p>
 161 <p>&nbsp;</p>
 162 <p>&nbsp;</p>
 163 </body>
 164 </html>