help/html/features/search.html

   1 <html>
   2 <head><title>Search</title>
   3 <style type="text/css">
   4 <!--
   5 td {
   6         text-align: center;
   7 }
   8 -->
   9 </style>
  10 </head>
  11
  12 <body>
  13 <p><strong>Search</strong></p>
  14 <p>The search box is displayed by pressing Control and F or
  15   selecting &quot;Find...&quot; from the &quot;Search&quot; menu.</p>
  16 <img src="search.gif" width="339" height="110">
  17 <p>&quot;Find next&quot; will find the next occurence of the specified and adjust
  18   the alignment window view to show it, and &quot;Find all&quot; highlights all
  19   matches for a pattern. The &quot;New Feature&quot; is a quick way to highlight
  20   and group residues matching the specified search pattern throughout the alignment.
  21 <ul>
  22   <li>The search uses regular expressions. (understands a mixture of posix and
  23     perl style regex - see below for a summary)</li>
  24   <li>Gaps are ignored when matching the query to the sequences in the alignment.</li>
  25   <li>The search is applied to both sequences and their IDs.</li>
  26   <li>If a region is selected, then search will <strong>only</strong> be performed
  27     on that region. </li>
  28   <li>To quickly clear the current selection, press the &quot;Escape&quot; key.</li>
  29   <li>Tick the &quot;Match Case&quot; box to perform a case sensitive search.</li>
  30 </ul>
  31 <p><strong>Creating Features from Search Results</strong></p>
  32 <p>
  33   If &quot;New Feature&quot; is selected, the feature can be given a name from
  34   a popup input box. Use the &quot;Feature Settings&quot; under the &quot;View&quot;
  35   menu to change the visibility and colour of the new sequence feature.</p>
  36 <p><strong>A quick Regular Expression Guide</strong></p>
  37 <p>A regular expression is not just a simple text query - although it
  38 can be used like one, the query is not parsed literally, but
  39 interpreted like a series of instructions defining the features of the
  40 match. For example, a simple query like &quot;ACDED&quot; would
  41 match all occurences of that string, but &quot;ACD+ED&quot; matches
  42 both 'ACDDED' and 'ACDDDDDDDDED'. More usefully, the query
  43 &quot;[ILGVMA]{;5,}&quot; would find stretches of small,
  44 hydrophobic amino acids of at least five residues in length.
  45 </p>
  46 <p> The table
  47 below describes some of the regular expression syntax:<br></p>
  48 <table width="100%" border="1">
  49   <tr>
  50     <td width="24%">Regular Expression Element</td>
  51     <td width="76%">Effect</td>
  52   </tr>
  53   <tr>
  54     <td width="24%">.</td>
  55     <td width="76%">Matches any single character</td>
  56   </tr>
  57   <tr>
  58     <td>[]</td>
  59     <td>Matches any one of the characters in the brackets</td>
  60   </tr>
  61   <tr>
  62     <td>^</td>
  63     <td>Matches at the start of an ID or sequence</td>
  64   </tr>
  65   <tr>
  66     <td>$</td>
  67     <td>Matches at the end of an ID or sequence</td>
  68   </tr>
  69   <tr>
  70     <td>*</td>
  71     <td>Matches if the preceding element matches zero or more times</td>
  72   </tr>
  73   <tr>
  74     <td>?</td>
  75     <td>Matches if the preceding element matched once or not at all</td>
  76   </tr>
  77   <tr>
  78     <td>+</td>
  79     <td>Matches if the preceding element matched at least once</td>
  80   </tr>
  81   <tr>
  82     <td>{count}</td>
  83     <td>Matches if the preceding element matches a specified number of
  84     times
  85     </td>
  86   </tr>
  87   <tr>
  88     <td>{min,}</td>
  89     <td> Matches of the preceding element matched at least the
  90     specified number of times</td>
  91   </tr>
  92   <tr>
  93     <td>{min,max} </td>
  94     <td>Matches if the preceding element matches min or at most max
  95     number of times</td>
  96   </tr>
  97 </table>
  98 </body>
  99 </html>