help/html/features/search.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Search</title>\r
   3 <style type="text/css">\r
   4 <!--\r
   5 td {\r
   6         text-align: center;\r
   7 }\r
   8 -->\r
   9 </style>\r
  10 </head>\r
  11 \r
  12 <body>\r
  13 <p><strong>Search</strong></p>\r
  14 <p>The search box is displayed by pressing Control and F or\r
  15   selecting &quot;Find...&quot; from the &quot;Search&quot; menu.</p>\r
  16 <img src="search.gif" width="339" height="110">\r
  17 <p>&quot;Find next&quot; will find the next occurence of the specified and adjust \r
  18   the alignment window view to show it, and &quot;Find all&quot; highlights all \r
  19   matches for a pattern. The &quot;New Feature&quot; is a quick way to highlight \r
  20   and group residues matching the specified search pattern throughout the alignment. \r
  21 <ul>\r
  22   <li>The search uses regular expressions. (understands a mixture of posix and \r
  23     perl style regex - see below for a summary)</li>\r
  24   <li>Gaps are ignored when matching the query to the sequences in the alignment.</li>\r
  25   <li>The search is applied to both sequences and their IDs but the &quot;Find \r
  26     next&quot; and &quot;Find all&quot; buttons only count the sequence matches.</li>\r
  27   <li>If a region is selected, then search will <strong>only</strong> be performed \r
  28     on that region. </li>\r
  29   <li>To quickly clear the current selection, press the &quot;Escape&quot; key.</li>\r
  30   <li>Tick the &quot;Match Case&quot; box to perform a case sensitive search.</li>\r
  31 </ul>\r
  32 <p><strong>Creating Features from Search Results</strong></p>\r
  33 <p>\r
  34   If &quot;New Feature&quot; is selected, the feature can be given a name from \r
  35   a popup input box. Use the &quot;Feature Settings&quot; under the &quot;View&quot; \r
  36   menu to change the visibility and colour of the new sequence feature.</p> \r
  37 <p><strong>A quick Regular Expression Guide</strong></p>\r
  38 <p>A regular expression is not just a simple text query - although it\r
  39 can be used like one, the query is not parsed literally, but\r
  40 interpreted like a series of instructions defining the features of the\r
  41 match. For example, a simple query like &quot;ACDED&quot; would\r
  42 match all occurences of that string, but &quot;ACD+ED&quot; matches\r
  43 both 'ACDDED' and 'ACDDDDDDDDED'. More usefully, the query\r
  44 &quot;[ILGVMA]{;5,}&quot; would find stretches of small,\r
  45 hydrophobic amino acids of at least five residues in length.\r
  46 </p>\r
  47 <p> The table\r
  48 below describes some of the regular expression syntax:<br></p>\r
  49 <table width="100%" border="1">\r
  50   <tr>\r
  51     <td width="24%">Regular Expression Element</td>\r
  52     <td width="76%">Effect</td>\r
  53   </tr>\r
  54   <tr>\r
  55     <td width="24%">.</td>\r
  56     <td width="76%">Matches any single character</td>\r
  57   </tr>\r
  58   <tr>\r
  59     <td>[]</td>\r
  60     <td>Matches any one of the characters in the brackets</td>\r
  61   </tr>\r
  62   <tr>\r
  63     <td>^</td>\r
  64     <td>Matches at the start of an ID or sequence</td>\r
  65   </tr>\r
  66   <tr>\r
  67     <td>$</td>\r
  68     <td>Matches at the end of an ID or sequence</td>\r
  69   </tr>\r
  70   <tr>\r
  71     <td>*</td>\r
  72     <td>Matches if the preceding element matches zero or more times</td>\r
  73   </tr>\r
  74   <tr>\r
  75     <td>?</td>\r
  76     <td>Matches if the preceding element matched once or not at all</td>\r
  77   </tr>\r
  78   <tr>\r
  79     <td>+</td>\r
  80     <td>Matches if the preceding element matched at least once</td>\r
  81   </tr>\r
  82   <tr>\r
  83     <td>{count}</td>\r
  84     <td>Matches if the preceding element matches a specified number of\r
  85     times\r
  86     </td>\r
  87   </tr>\r
  88   <tr>\r
  89     <td>{min,}</td>\r
  90     <td> Matches of the preceding element matched at least the\r
  91     specified number of times</td>\r
  92   </tr>\r
  93   <tr>\r
  94     <td>{min,max} </td>\r
  95     <td>Matches if the preceding element matches min or at most max\r
  96     number of times</td>\r
  97   </tr>\r
  98 </table>\r
  99 </body>\r
 100 </html>\r