help/html/features/search.html

   1 <html>
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  21  -->
  22 <head><title>Search</title>
  23 <style type="text/css">
  24 <!--
  25 td {
  26         text-align: center;
  27 }
  28 -->
  29 </style>
  30 </head>
  31
  32 <body>
  33 <p><strong>Search</strong></p>
  34 <p>The search box is displayed by pressing Control and F or
  35   selecting &quot;Find...&quot; from the &quot;Search&quot; menu.</p>
  36 <img src="search.gif" width="339" height="110">
  37 <p>&quot;Find next&quot; will find the next occurence of the specified and adjust
  38   the alignment window view to show it, and &quot;Find all&quot; highlights all
  39   matches for a pattern. The &quot;New Feature&quot; is a quick way to highlight
  40   and group residues matching the specified search pattern throughout the alignment.
  41 <ul>
  42   <li>The search uses regular expressions. (understands a mixture of posix and
  43     perl style regex - see below for a summary)</li>
  44   <li>Gaps are ignored when matching the query to the sequences in the alignment.</li>
  45   <li>The search is applied to both sequences and their IDs.</li>
  46   <li>If a region is selected, then search will <strong>only</strong> be performed
  47     on that region. </li>
  48   <li>To quickly clear the current selection, press the &quot;Escape&quot; key.</li>
  49   <li>Tick the &quot;Match Case&quot; box to perform a case sensitive search.</li>
  50 </ul>
  51 <p><strong>Creating Features from Search Results</strong></p>
  52 <p>
  53   If &quot;New Feature&quot; is selected, the feature can be given a name from
  54   a popup input box. Use the &quot;Feature Settings&quot; under the &quot;View&quot;
  55   menu to change the visibility and colour of the new sequence feature.</p>
  56 <p><strong>A quick Regular Expression Guide</strong></p>
  57 <p>A regular expression is not just a simple text query - although it
  58 can be used like one, the query is not parsed literally, but
  59 interpreted like a series of instructions defining the features of the
  60 match. For example, a simple query like &quot;ACDED&quot; would
  61 match all occurences of that string, but &quot;ACD+ED&quot; matches
  62 both 'ACDDED' and 'ACDDDDDDDDED'. More usefully, the query
  63 &quot;[ILGVMA]{;5,}&quot; would find stretches of small,
  64 hydrophobic amino acids of at least five residues in length.
  65 </p>
  66 <p> The table
  67 below describes some of the regular expression syntax:<br></p>
  68 <table width="100%" border="1">
  69   <tr>
  70     <td width="24%">Regular Expression Element</td>
  71     <td width="76%">Effect</td>
  72   </tr>
  73   <tr>
  74     <td width="24%">.</td>
  75     <td width="76%">Matches any single character</td>
  76   </tr>
  77   <tr>
  78     <td>[]</td>
  79     <td>Matches any one of the characters in the brackets</td>
  80   </tr>
  81   <tr>
  82     <td>^</td>
  83     <td>Matches at the start of an ID or sequence</td>
  84   </tr>
  85   <tr>
  86     <td>$</td>
  87     <td>Matches at the end of an ID or sequence</td>
  88   </tr>
  89   <tr>
  90     <td>*</td>
  91     <td>Matches if the preceding element matches zero or more times</td>
  92   </tr>
  93   <tr>
  94     <td>?</td>
  95     <td>Matches if the preceding element matched once or not at all</td>
  96   </tr>
  97   <tr>
  98     <td>+</td>
  99     <td>Matches if the preceding element matched at least once</td>
 100   </tr>
 101   <tr>
 102     <td>{count}</td>
 103     <td>Matches if the preceding element matches a specified number of
 104     times
 105     </td>
 106   </tr>
 107   <tr>
 108     <td>{min,}</td>
 109     <td> Matches of the preceding element matched at least the
 110     specified number of times</td>
 111   </tr>
 112   <tr>
 113     <td>{min,max} </td>
 114     <td>Matches if the preceding element matches min or at most max
 115     number of times</td>
 116   </tr>
 117 </table>
 118 </body>
 119 </html>