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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
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  18 -->
  19 </style>
  20 </head>
  21
  22 <body>
  23 <p><strong>Search</strong></p>
  24 <p>The search box is displayed by pressing Control and F or
  25   selecting &quot;Find...&quot; from the &quot;Search&quot; menu.</p>
  26 <img src="search.gif" width="339" height="110">
  27 <p>&quot;Find next&quot; will find the next occurence of the specified and adjust
  28   the alignment window view to show it, and &quot;Find all&quot; highlights all
  29   matches for a pattern. The &quot;New Feature&quot; is a quick way to highlight
  30   and group residues matching the specified search pattern throughout the alignment.
  31 <ul>
  32   <li>The search uses regular expressions. (understands a mixture of posix and
  33     perl style regex - see below for a summary)</li>
  34   <li>Gaps are ignored when matching the query to the sequences in the alignment.</li>
  35   <li>The search is applied to both sequences and their IDs.</li>
  36   <li>If a region is selected, then search will <strong>only</strong> be performed
  37     on that region. </li>
  38   <li>To quickly clear the current selection, press the &quot;Escape&quot; key.</li>
  39   <li>Tick the &quot;Match Case&quot; box to perform a case sensitive search.</li>
  40 </ul>
  41 <p><strong>Creating Features from Search Results</strong></p>
  42 <p>
  43   If &quot;New Feature&quot; is selected, the feature can be given a name from
  44   a popup input box. Use the &quot;Feature Settings&quot; under the &quot;View&quot;
  45   menu to change the visibility and colour of the new sequence feature.</p>
  46 <p><strong>A quick Regular Expression Guide</strong></p>
  47 <p>A regular expression is not just a simple text query - although it
  48 can be used like one, the query is not parsed literally, but
  49 interpreted like a series of instructions defining the features of the
  50 match. For example, a simple query like &quot;ACDED&quot; would
  51 match all occurences of that string, but &quot;ACD+ED&quot; matches
  52 both 'ACDDED' and 'ACDDDDDDDDED'. More usefully, the query
  53 &quot;[ILGVMA]{;5,}&quot; would find stretches of small,
  54 hydrophobic amino acids of at least five residues in length.
  55 </p>
  56 <p> The table
  57 below describes some of the regular expression syntax:<br></p>
  58 <table width="100%" border="1">
  59   <tr>
  60     <td width="24%">Regular Expression Element</td>
  61     <td width="76%">Effect</td>
  62   </tr>
  63   <tr>
  64     <td width="24%">.</td>
  65     <td width="76%">Matches any single character</td>
  66   </tr>
  67   <tr>
  68     <td>[]</td>
  69     <td>Matches any one of the characters in the brackets</td>
  70   </tr>
  71   <tr>
  72     <td>^</td>
  73     <td>Matches at the start of an ID or sequence</td>
  74   </tr>
  75   <tr>
  76     <td>$</td>
  77     <td>Matches at the end of an ID or sequence</td>
  78   </tr>
  79   <tr>
  80     <td>*</td>
  81     <td>Matches if the preceding element matches zero or more times</td>
  82   </tr>
  83   <tr>
  84     <td>?</td>
  85     <td>Matches if the preceding element matched once or not at all</td>
  86   </tr>
  87   <tr>
  88     <td>+</td>
  89     <td>Matches if the preceding element matched at least once</td>
  90   </tr>
  91   <tr>
  92     <td>{count}</td>
  93     <td>Matches if the preceding element matches a specified number of
  94     times
  95     </td>
  96   </tr>
  97   <tr>
  98     <td>{min,}</td>
  99     <td> Matches of the preceding element matched at least the
 100     specified number of times</td>
 101   </tr>
 102   <tr>
 103     <td>{min,max} </td>
 104     <td>Matches if the preceding element matches min or at most max
 105     number of times</td>
 106   </tr>
 107 </table>
 108 </body>
 109 </html>