help/html/features/seqfeatures.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Features</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Features</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can colour parts of a sequence based on the presence of
  31     sequence features - which may be retrieved from database records
  32     (such as Uniprot), the result of <a href="search.html">sequence
  33       motif searches</a> or simply read from a <a href="featuresFormat.html">sequence
  34       features file</a>. You can also <a href="creatinFeatures.html">create
  35       features</a> from the results of searches or the current selection,
  36     and <a href="editingFeatures.html">edit features</a> by double
  37     clicking on them.
  38   </p>
  39   <p>
  40     <strong>Sequence Feature Colouring Styles</strong>
  41   </p>
  42   <p>
  43     By default, Jalview will assign a color to each feature based on its
  44     type. These colours can be changed from the <a
  45       href="featuresettings.html"
  46     >feature settings</a> and <a href="editingFeatures.html">amend
  47       features</a> dialog boxes. Since Jalview 2.5, it is also possible to
  48     define <a href="featureschemes.html">feature colourschemes</a> to
  49     shade features based on their associated scores or text labels.
  50   </p>
  51   <p>
  52     <strong>Sequence Feature Groups</strong>
  53   </p>
  54   <p>
  55     Since Jalview 2.08, sequence features assigned to a sequence can be
  56     organised into groups, which may indicate that the features were all
  57     retrieved from the same database (such as Uniprot features), or
  58     generated by the same analysis process (as might be specified in a <a
  59       href="featuresFormat.html"
  60     >sequence features file</a>).
  61   </p>
  62   <p>
  63     <strong>Sequence Feature Inheritance</strong>
  64   </p>
  65   <p>
  66     Since Jalview 2.08, sequence features are <em>global</em> to a set
  67     of sequences appearing (independently or together) in many different
  68     alignments. Practically, this means features loaded onto one
  69     alignment can be viewed in any alignments involving the same
  70     sequences. The same sequence appears in different alignments when a
  71     new alignment is generated by submitting an existing set of
  72     sequences to one of the alignment or prediction web services, and
  73     when sequences are copied and pasted into other alignment windows.
  74   </p>
  75   <p>
  76     <strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong>
  77   </p>
  78   <p>Toggle the display of sequence features in this alignment. If
  79     feature retrieval has not already been carried out, then Jalview
  80     will automatically try to fetch sequence features (as described
  81     below).</p>
  82   <p>
  83     <strong>View&#8594;Sequence Feature Settings...</strong>
  84   </p>
  85   <p>
  86     Once sequence features have been loaded, their display can be fully
  87     controlled using the alignment window's <a
  88       href="featuresettings.html"
  89     >Sequence Feature Settings</a> dialog box. Feature colour schemes and
  90     display parameters are unique to a particular alignment, so it is
  91     possible to colour the same sequence features differently in
  92     different alignment views.<br> Since Jalview 2.1, it is
  93     possible to add <a href="dassettings.html">DAS features</a> to an
  94     alignment via the DAS tabbed pane of the feature settings window.
  95   </p>
  96   <p>
  97     <strong>View&#8594;Sequence ID Tooltip&#8594;Show
  98       Non-Positional features</strong><br> <em>Only available in
  99       application</em></br>
 100   </p>
 101   <p>Toggles the display of non-positional features in the sequence
 102     ID tooltip, and whether they will be included when sequence features
 103     are exported using &quot;File&#8594;Export Features&quot;.</p>
 104   <p>
 105     Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from
 106     the command line, drag and drop, or from the &quot;File&#8594;Load
 107     Features / Annotations&quot; menu item. See the <a
 108       href="featuresFormat.html"
 109     >Features File Format</a> for more details.
 110   </p>
 111 </body>
 112 </html>