help/html/features/seqfeatures.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Features</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Features</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can colour parts of a sequence based on the presence of
  31     sequence features - which may be retrieved from database records
  32     (such as UniProt), the result of <a href="search.html">sequence
  33       motif searches</a> or simply read from a <a href="featuresFormat.html">sequence
  34       features file</a>. You can also <a href="creatinFeatures.html">create
  35       features</a> from the results of searches or the current selection,
  36     and <a href="editingFeatures.html">edit features</a> by double
  37     clicking on them.
  38   </p>
  39   <p>
  40     <strong>Sequence Feature Colouring Styles</strong>
  41   </p>
  42   <p>
  43     By default, Jalview will assign a color to each feature based on its
  44     type. These colours can be changed from the <a
  45       href="featuresettings.html">feature settings</a> and <a
  46       href="editingFeatures.html">amend features</a> dialog boxes. Since
  47     Jalview 2.5, it is also possible to define <a
  48       href="featureschemes.html">feature colourschemes</a> to shade
  49     features based on their associated scores or text labels.
  50   </p>
  51   <p>
  52     <strong>Sequence Feature Groups</strong>
  53   </p>
  54   <p>
  55     Since Jalview 2.08, sequence features assigned to a sequence can be
  56     organised into groups, which may indicate that the features were all
  57     retrieved from the same database (such as UniProt features), or
  58     generated by the same analysis process (as might be specified in a <a
  59       href="featuresFormat.html">sequence features file</a>).
  60   </p>
  61   <p>
  62     <strong>Sequence Feature Inheritance</strong>
  63   </p>
  64   <p>
  65     Since Jalview 2.08, sequence features are <em>global</em> to a set
  66     of sequences appearing (independently or together) in many different
  67     alignments. Practically, this means features loaded onto one
  68     alignment can be viewed in any alignments involving the same
  69     sequences. The same sequence appears in different alignments when a
  70     new alignment is generated by submitting an existing set of
  71     sequences to one of the alignment or prediction web services, and
  72     when sequences are copied and pasted into other alignment windows.
  73   </p>
  74   <p>
  75     <strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong>
  76   </p>
  77   <p>Toggle the display of sequence features in this alignment. If
  78     feature retrieval has not already been carried out, then Jalview
  79     will automatically try to fetch sequence features (as described
  80     below).</p>
  81   <p>
  82     <strong>View&#8594;Sequence Feature Settings...</strong>
  83   </p>
  84   <p>
  85     Once sequence features have been loaded, their display can be fully
  86     controlled using the alignment window's <a
  87       href="featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a>
  88     dialog box. Feature colour schemes and display parameters are unique
  89     to a particular alignment, so it is possible to colour the same
  90     sequence features differently in different alignment views.
  91   </p>
  92   <p>
  93     <strong>View&#8594;Sequence ID Tooltip&#8594;Show
  94       Non-Positional features</strong><br> <em>Only available in
  95       application</em></br>
  96   </p>
  97   <p>Toggles the display of non-positional features in the sequence
  98     ID tooltip, and whether they will be included when sequence features
  99     are exported using &quot;File&#8594;Export Features&quot;.</p>
 100   <p>
 101     Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from
 102     the command line, drag and drop, or from the &quot;File&#8594;Load
 103     Features / Annotations&quot; menu item. See the <a
 104       href="featuresFormat.html">Features File Format</a> for more
 105     details.
 106   </p>
 107 </body>
 108 </html>